Das Dorf Sannikowo wird erstmals in den Katasterbüchern des 16. Jahrhunderts als Besitz der Familie Borisov erwähnt. Zu dieser Zeit gab es hier einen Tempel, der dem Heiligen Nikolaus von Myra gewidmet war.

Im Jahr 1864 wurde ein steinerner Tempel im Namen der Verklärung des Herrn mit einer Kapelle, die dem Heiligen Nikolaus von Myra gewidmet war, im warmen Tempel erbaut. Das Dorf gehörte der Boyarin Maria Rostowa. Ende des 18. Jahrhunderts zählte Sannikowo etwa 60 Haushalte, und es gab eine Kirche sowie eine Pfarrschule.

Der Tempel wurde 1897 vollständig fertiggestellt und hatte zwei Kapellen: die Hauptkapelle im kalten Tempel zu Ehren der Verklärung des Herrn und die Kapelle des Heiligen Nikolaus von Myra im warmen Tempel. Der Glockenturm erreichte eine Höhe von 35 Metern und hatte fünf Glocken, von denen die größte 4 Tonnen wog.

Die Gemeinde der Sannikowo-Kirche umfasste noch vier Dörfer: Stepanikowo, Beresowka, Saksino und Iwan.

In der Sowjetzeit wurde hier das Kolchos „Organisierte Arbeit“ gegründet, und der Tempel wurde 1936 zerstört. Die Schule bestand bis 1969. In den 1930er Jahren trat das lokale Kolchos dem Kolchos „Kampf“ mit dem zentralen Gut im Dorf Stepanikowo bei, und die Schule wurde Teil der achtjährigen Schule von Stepanikowo.

Heute gehört das Dorf Sannikowo zur Borisoglebsk Gemeinde. Auf seinem Gebiet stehen 80 Häuser, und laut der Volkszählung von 2010 leben hier 58 Menschen. Im Jahr 2013 begann die Wiederherstellung der Spaso-Verklärungs-Kirche, was eine Freude für die Einheimischen war.