El pueblo de Sannikovo se menciona por primera vez en los libros de registros del siglo XVI como una propiedad de la familia Borisov. En ese momento, existía un templo dedicado a San Nicolás el Milagroso.

En 1864 se construyó un templo de piedra en nombre de la Transfiguración del Señor con una capilla dedicada a San Nicolás el Milagroso, en el templo cálido. El pueblo pertenecía a la boyarina María Rostova. A finales del siglo XVIII, Sannikovo contaba con alrededor de 60 hogares, y funcionaban la iglesia y una escuela parroquial.

El templo fue completamente terminado en 1897 y tenía dos capillas: la principal en el templo frío en honor a la Transfiguración del Señor y la capilla de San Nicolás el Milagroso en el templo cálido. El campanario alcanzaba una altura de 35 metros y tenía cinco campanas, la más grande de las cuales pesaba 4 toneladas.

La parroquia de la iglesia de Sannikovo incluía otras cuatro aldeas: Stepankovo, Berezovka, Saksino e Ivan.

Durante la época soviética, se creó aquí el koljós "Trabajo Organizado", y la iglesia fue destruida en 1936. La escuela funcionó hasta 1969. En la década de 1930, el koljós local se unió al koljós "Lucha" con la granja central en la aldea de Stepankovo, y la escuela se convirtió en parte de la escuela de ocho años de Stepankovo.

Hoy en día, el pueblo de Sannikovo forma parte del asentamiento rural de Borisoglebskoye. En su territorio hay 80 casas, y según el censo de 2010, viven aquí 58 personas. En 2013, comenzó la restauración de la iglesia de Spaso-Transfiguración, lo que fue una alegría para los habitantes locales.