Le village de Sannikovo est mentionné pour la première fois dans les livres cadastraux du XVIe siècle comme une propriété de la famille Borisov. À cette époque, il y avait un temple dédié à saint Nicolas le Miracle-Faire.

En 1864, un temple en pierre au nom de la Transfiguration du Seigneur a été construit avec une chapelle dédiée à saint Nicolas le Miracle-Faire, dans le temple chaud. Le village appartenait à la boyarine Maria Rostova. À la fin du XVIIIe siècle, Sannikovo comptait environ 60 foyers, avec une église et une école paroissiale en activité.

Le temple a été entièrement achevé en 1897 et avait deux chapelles : la principale dans le temple froid en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur et la chapelle de saint Nicolas le Miracle-Faire dans le temple chaud. Le clocher atteignait une hauteur de 35 mètres et avait cinq cloches, la plus grande pesant 4 tonnes.

La paroisse de l'église de Sannikovo comprenait encore quatre villages : Stepan'kovo, Berezovka, Saksino et Ivan'.

À l'époque soviétique, un kolkhoze « Travail organisé » a été créé ici, et l'église a été détruite en 1936. L'école a existé jusqu'en 1969. Dans les années 1930, le kolkhoze local a rejoint le kolkhoze « Lutte » avec le siège central dans le village de Stepan'kovo, et l'école est devenue une partie de l'école de huit ans de Stepan'kovo.

Aujourd'hui, le village de Sannikovo fait partie de la municipalité de Borisoglebskoye. Sur son territoire se trouvent 80 maisons, et selon le recensement de 2010, 58 personnes y résident. En 2013, la restauration de l'église de la Transfiguration a commencé, ce qui a été une joie pour les habitants locaux.