По рассказу Николая Мотовилова, услышанному от самого батюшки Серафима, Преподобный, выйдя из затвора 25 ноября 1825 года, направился к Дальней пустынке. У Богословского источника ему явилась Богоматерь с апостолами Петром и Иоанном Богословом. Божия Матерь ударила жезлом в землю, и из нее забил фонтан светлой воды. На этом месте преподобный Серафим выкопал колодец, а по его молитвам Богоматерь обещала наделить воды источника целебной силой.

Эта беседа состоялась на "пажнинке" батюшки Серафима в Ближней пустынке в конце ноября 1831 года, вскоре после того, как он исцелил Мотовилова. Преподобный дал Мотовилову возможность ощутить благодатные действия Святого Духа: ослепительный свет, тепло, неземное благоухание и мир в душе. "Благодарите Господа Бога за Его милость, сказал он Мотовилову, вы видели, что я не перекрестился, а лишь мысленно помолился, и Господь исполнил просьбу убогого Серафима". В конце беседы батюшка Серафим пообещал Мотовилову, что Господь поможет ему сохранить это в памяти, чтобы через него это знание стало доступно всему миру.

На краю горы для подвижника построили небольшой сруб без окон и дверей, в который можно было попасть, пролезая под стеной. Современный храм напоминает это первое строение на Ближней пустынке. К источнику преподобного Серафима стекалось множество паломников, и происходили чудесные исцеления. Здесь побывала царская семья в 1903 году, и через год после этого у императрицы Александры Федоровны родился наследник. В 1903 году над источником построили часовню и купальню, но в советское время все это было разрушено, а источник забетонирован. Речку Саровку запрудили, образовав пруд "Боровое".

В 1991 году члены исторического объединения "Саровская пустынь" начали поиски этого святого места. В результате раскопок нашли место часовни и купальни. Здание не сохранилось, но фундаменты и нижние помещения остались целыми. В эти помещения вели ступени, выложенные плиткой, а пол был выстлан кафелем с красивым орнаментом.

Позже на Ближней пустынке установили памятный камень и крест, а в 2003 году построили часовню, которую затем разобрали. В 2006 году, к 300-летию Саровского Свято-Успенского монастыря, началось строительство храма на историческом месте. Храм был построен с добавлением алтаря и входа. Засыпанная купальня находится ближе к пруду, и вся территория передана церкви и огорожена. Храм Святого Духа посетил Патриарх Алексий II в 2006 году, а 27 августа Архиепископ Георгий освятил его.

В храме находятся иконы, написанные в мастерской Павла Бусалаева на средства Фонда Серафима Саровского. При освящении храма в 2006 году была передана первая икона преподобного Серафима с новыми клеймами. Через год привезли икону преподобного Сергия Радонежского с двумя новыми клеймами. 29 июня 2010 года Архиепископ Георгий освятил еще пять икон для храма, среди которых "Господь Вседержитель", "Моление о чаше" и другие.