Selon le récit de Nicolas Motovilov, entendu de la bouche même du père Séraphim, le saint, sorti de sa retraite le 25 novembre 1825, se dirigea vers le Grand désert. Auprès de la source théologique, la Mère de Dieu lui apparut avec les apôtres Pierre et Jean. La Mère de Dieu frappa le sol avec son bâton, et une fontaine d'eau claire jaillit. À cet endroit, le saint Séraphim creusa un puits, et par ses prières, la Mère de Dieu promit de conférer aux eaux de la source un pouvoir de guérison.

Cette conversation eut lieu sur la "petite prairie" du père Séraphim dans le Petit désert à la fin novembre 1831, peu après qu'il eut guéri Motovilov. Le saint permit à Motovilov de ressentir les actions gracieuses du Saint-Esprit : une lumière éblouissante, de la chaleur, un parfum céleste et la paix dans l'âme. "Remerciez le Seigneur Dieu pour Sa miséricorde, lui dit-il, vous avez vu que je ne me suis pas signé, mais que j'ai seulement prié mentalement, et le Seigneur a exaucé la demande du pauvre Séraphim." À la fin de la conversation, le père Séraphim promit à Motovilov que le Seigneur l'aiderait à garder cela en mémoire, afin que ce savoir devienne accessible au monde entier.

Au bord de la montagne, un petit abri sans fenêtres ni portes fut construit pour le moine, auquel on pouvait accéder en se glissant sous le mur. L'église moderne rappelle cette première construction dans le Petit désert. De nombreux pèlerins affluaient vers la source du saint Séraphim, et des guérisons miraculeuses se produisaient. La famille impériale y a été présente en 1903, et un an après, l'impératrice Alexandra Fiodorovna donna naissance à un héritier. En 1903, une chapelle et un bain furent construits au-dessus de la source, mais pendant l'époque soviétique, tout cela fut détruit, et la source fut bétonnée. La rivière Sarovka fut endiguée, formant un étang appelé "Borovoe".

En 1991, des membres de l'association historique "Désert de Sarov" commencèrent à rechercher ce lieu saint. À la suite des fouilles, l'emplacement de la chapelle et du bain fut découvert. Le bâtiment ne s'est pas conservé, mais les fondations et les sous-sols sont restés intacts. Des marches carrelées menaient à ces pièces, et le sol était recouvert de carreaux avec de beaux motifs.

Plus tard, une pierre commémorative et une croix furent installées dans le Petit désert, et en 2003, une chapelle fut construite, puis démontée. En 2006, pour le 300e anniversaire du monastère de Sarov, la construction d'une église sur le site historique commença. L'église fut construite avec l'ajout d'un autel et d'une entrée. Le bain enseveli se trouve plus près de l'étang, et tout le territoire a été transféré à l'église et clôturé. L'église du Saint-Esprit a été visitée par le Patriarche Alexis II en 2006, et le 27 août, l'Archevêque Georges l'a consacrée.

Dans l'église se trouvent des icônes, peintes dans l'atelier de Pavel Busalaev grâce aux fonds de la Fondation Séraphim de Sarov. Lors de la consécration de l'église en 2006, la première icône du saint Séraphim avec de nouveaux attributs fut remise. Un an plus tard, l'icône du saint Serge de Radonège avec deux nouveaux attributs fut apportée. Le 29 juin 2010, l'Archevêque Georges consacra cinq autres icônes pour l'église, parmi lesquelles "Le Seigneur Tout-Puissant", "La Prière dans la coupe" et d'autres.