В 1859 году в селе Убинском насчитывалось 146 дворов, где проживало 691 человек. К тому времени в селе были построены церковь и часовня. В 1896 году здесь появилась станция на Транссибирской магистрали.

Согласно «Справочной книге по Томской епархии за 1910-1911 годы», в Убинском находилась однопрестольная деревянная церковь во имя Святителя и Чудотворца Николая, построенная в 1869 году при епископе Платоне Троепольском. Церкви принадлежало 99 десятин пахотной и сенокосной земли, а расстояние до Томска составляло 432 версты. В приход входили село Убинское Каинского уезда, деревня Еланская в 17 верстах и переселенческие деревни на расстоянии от 12 до 30 верст. Общее число прихожан составляло 2261 человек обоего пола. Штат причта включал одного священника и одного псаломщика, которые имели жалованье из казны в 180 рублей и доходы от треб. При церкви действовало училище гражданского ведомства и библиотека, а церковно-приходское попечительство существовало с 1893 года. В 1909 году священником служил Николай Николаевич Копьев, а псаломщиком, Михаил Федотович Богоявленский.

27 июня 1995 года в село Убинское приехал Николай Константинович Забалуев, который подтвердил, что его прадед Василий Карпович Архангельский служил священником в Никольской церкви до 15 августа 1909 года и крестил там своего сына Александра Васильевича, деда Забалуева. Это событие зафиксировано в церковных книгах за 1900 год.

В годы лихолетья Никольская церковь была разрушена. 13 июля 1993 года на Приходском собрании под председательством протоиерея Сергия Государкина был избран Приходской совет и определено название Прихода во имя преподобного Сергия Радонежского. После сбора подписей и согласования с местной властью, было получено благословение от епископа Тихона на открытие храма и регистрацию Прихода.

Убинским сельсоветом Приходу было передано здание по улице Ленина 2, ранее занимаемое «Киносетью». 6 апреля 1996 года епископ Сергий освятил антиминс для нового Прихода. 27 октября 1999 года Приход был зарегистрирован в органах юстиции.

Современная небольшая кирпичная церковь с шатровой звонницей была построена в 1990-х годах и отличается простой архитектурой.