Im Jahr 1859 gab es im Dorf Ubinskoje 146 Höhlen, in denen 691 Menschen lebten. Zu dieser Zeit waren im Dorf eine Kirche und eine Kapelle gebaut worden. 1896 wurde hier eine Station an der Transsibirischen Eisenbahn eröffnet.

Laut dem "Verzeichnisbuch der Tomsker Diözese für die Jahre 1910-1911" gab es in Ubinskoje eine einschiffige Holzkirche zu Ehren des Heiligen und Wundertäters Nikolaus, die 1869 unter Bischof Platon Trojepolsky erbaut wurde. Der Kirche gehörten 99 Desjatinen Acker- und Wiesenland, und die Entfernung nach Tomsk betrug 432 Werst. Zur Gemeinde gehörten das Dorf Ubinskoje im Kaïnskiy Bezirk, das Dorf Jelanskaja in 17 Werst und Umsiedlerdörfer in einer Entfernung von 12 bis 30 Werst. Die Gesamtzahl der Gemeindemitglieder betrug 2261 Personen beiderlei Geschlechts. Der Klerus umfasste einen Priester und einen Psalmodisten, die ein Gehalt von 180 Rubel aus der Staatskasse und Einnahmen aus den Gottesdiensten hatten. An der Kirche gab es eine Schule des Zivilamtes und eine Bibliothek, und die kirchliche Gemeindehilfe existierte seit 1893. Im Jahr 1909 war Nikolai Nikolajewitsch Kopyew Priester und Michail Fedotowitsch Bogojawlensky Psalmodist.

Am 27. Juni 1995 kam Nikolai Konstantinowitsch Sabalujev ins Dorf Ubinskoje, der bestätigte, dass sein Urgroßvater Wassili Karpowitsch Archangelski bis zum 15. August 1909 Priester in der Nikolauskirche war und dort seinen Sohn Alexander Wassiljewitsch, den Großvater von Sabalujev, taufte. Dieses Ereignis ist in den Kirchenbüchern von 1900 verzeichnet.

In den Jahren der Wirren wurde die Nikolauskirche zerstört. Am 13. Juli 1993 wurde auf der Gemeindeveranstaltung unter dem Vorsitz von Protopriester Sergei Gosudarkin der Gemeinderat gewählt und der Name der Gemeinde zu Ehren des heiligen Sergius von Radonesch festgelegt. Nach dem Sammeln von Unterschriften und der Abstimmung mit der lokalen Verwaltung wurde die Erlaubnis von Bischof Tikhon zur Eröffnung der Kirche und zur Registrierung der Gemeinde erhalten.

Der Ubinskoje Gemeinderat übergab der Gemeinde ein Gebäude in der Lenin-Straße 2, das zuvor von "Kinoset" genutzt wurde. Am 6. April 1996 weihte Bischof Sergei das Antimens für die neue Gemeinde. Am 27. Oktober 1999 wurde die Gemeinde bei den Justizbehörden registriert.

Die moderne kleine Ziegelkirche mit einem spitzen Glockenturm wurde in den 1990er Jahren erbaut und zeichnet sich durch eine schlichte Architektur aus.