En 1859, le village d'Ubinskoïe comptait 146 foyers, où vivaient 691 personnes. À cette époque, une église et une chapelle avaient été construites dans le village. En 1896, une station sur la ligne transsibérienne y a été établie.

Selon le "Livre de référence de l'Éparchie de Tomsk pour les années 1910-1911", il y avait à Ubinskoïe une église en bois à un autel dédiée à Saint Nicolas, Évêque et Miracle-ouvrier, construite en 1869 sous l'évêque Platon Troepolsky. L'église possédait 99 dessiatines de terres arables et de fauche, et la distance jusqu'à Tomsk était de 432 verstes. La paroisse comprenait le village d'Ubinskoïe dans le district de Kain, le village d'Elanskaya à 17 verstes et des villages de colons à une distance de 12 à 30 verstes. Le nombre total de paroissiens était de 2261 personnes des deux sexes. Le clergé comprenait un prêtre et un psalmiste, qui recevaient un salaire de l'État de 180 roubles et des revenus des offices. Une école de l'administration civile et une bibliothèque fonctionnaient près de l'église, et le conseil paroissial existait depuis 1893. En 1909, le prêtre était Nicolas Nikolaïevitch Kopyev, et le psalmiste, Mikhaïl Fiodotovitch Bogoyavlensky.

Le 27 juin 1995, Nicolas Konstantinovitch Zabaluev est venu au village d'Ubinskoïe et a confirmé que son arrière-grand-père, Vassili Karpovitch Arkhangelsky, avait été prêtre à l'église Nicolas jusqu'au 15 août 1909 et y avait baptisé son fils Alexandre Vassilievitch, le grand-père de Zabaluev. Cet événement est enregistré dans les livres d'église de l'année 1900.

Pendant les années de troubles, l'église Nicolas a été détruite. Le 13 juillet 1993, lors de l'assemblée paroissiale présidée par le protoïer Nikolai Sergueïevitch, un conseil paroissial a été élu et le nom de la paroisse a été défini au nom du vénérable Serge de Radonège. Après la collecte de signatures et l'accord avec les autorités locales, une bénédiction a été reçue de l'évêque Tikhon pour l'ouverture du temple et l'enregistrement de la paroisse.

Le conseil rural d'Ubinskoïe a transféré au conseil paroissial un bâtiment situé au 2, rue Lénine, précédemment occupé par "Kinoset". Le 6 avril 1996, l'évêque Serge a consacré l'antimins pour la nouvelle paroisse. Le 27 octobre 1999, la paroisse a été enregistrée auprès des autorités judiciaires.

L'église moderne en briques, avec un clocher à toit en tente, a été construite dans les années 1990 et se distingue par son architecture simple.