Точный год постройки первой церкви в Юнаковке неизвестен. Однако у преосвященного Филарета были документы, подтверждающие, что в 1709 году в Юнаковке уже существовал храм, посвященный Святителю Николаю Чудотворцу. Согласно описи 1785 года, церковь была большая, деревянная, однопрестольная, пятиглавая, с пристройками с четырех сторон, придававшими ей крестообразную форму. Все пять глав были позолочены. Отдельно стояла деревянная колокольня с шестью колоколами, самый большой из которых весил 106 пудов. От старой церкви сохранились два киота и оловянная чаша.

Первая церковь в Юнаковке существовала до 1793 года. В этом году было разрешено разобрать ветхую деревянную церковь и построить на её месте новую каменную с тремя престолами: во имя Святителя Николая Чудотворца, Архистратига Михаила и в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Главный престол был посвящен Рождеству Богородицы, и с тех пор церковь стала называться «Рождество-Богородицкая». Этот величественный храм строился исключительно на пожертвования прихожан в течение 13 лет и был завершен в 1806 году.

В 1823 году старая колокольня была разобрана, а новая построена благодаря священнику Корнилию Краснокутскому, который пожертвовал на это 10 тыс. рублей. Окончательная отделка колокольни была завершена в 1827 году усилиями священника Василия Максимовича Никольского. На колокольне был большой колокол весом 206 пудов с надписью: «Колокол сей сделан старанием и попечением благочинного протоиерея В. Никольского в 1857 году».

В 1874 году в нижнем подвальном этаже храма была устроена теплая церковь во имя Трех Святителей. Василий Максимович Никольский служил в юнаковской церкви с 1826 по 1882 год, оставив добрую память о себе. Он был неутомимым пастырем до глубокой старости. В церкви с давних времен хранится чудотворная икона Святителя Николая, украшенная серебряной позолоченной ризой с драгоценными камнями и эмалью. Это дар владельцев юнаковского имения Н. И. и М. М. Лещинских.

Точное время появления этой иконы неизвестно, но существует предание, что она явилась в Юнаковке до постройки первой церкви и временно находилась в Локнянской церкви. Позже для иконы была построена деревянная часовня, а затем она была перенесена в первую церковь. В церковной тетради записаны многие чудеса, связанные с этой иконой. Например, в 1770 году три купца из Курска, спасаясь от разбойников, призвали на помощь Святителя Николая, и разбойники ослепли, не увидев их.

В Рождество-Богородицкой церкви также находится чтимая икона Ахтырской Божией Матери с серебряной позолоченной ризой. На ризе есть надпись: «Риза сия сооружена в память избавления от засухи молитвами Богоматери, усердием священнослужителей и прихожан 1892 года». Весной 1892 года засуха угрожала урожаю, но после особого моления перед иконой начался дождь, который продолжался три дня и спас посевы.

В последние годы храм Рождества Богородицы в Юнаковке находился под управлением Киевского патриархата. После судебных разбирательств в 2010 году церковь была передана Сумской епархии Украинской Православной Церкви. Освящение храма состоялось 3 июня 2010 года епископом Сумским и Ахтырским Евлогием. В настоящее время храм находится на стадии реставрации и восстановления.