Das genaue Jahr des Baus der ersten Kirche in Junakowka ist unbekannt. Allerdings hatte der hochwürdige Filaret Dokumente, die bestätigten, dass im Jahr 1709 in Junakowka bereits ein Tempel zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra existierte. Laut einer Beschreibung aus dem Jahr 1785 war die Kirche groß, aus Holz, mit einem Altar, fünf Kuppeln und Anbauten auf vier Seiten, die ihr eine kreuzförmige Gestalt gaben. Alle fünf Kuppeln waren vergoldet. Separat stand der hölzerne Glockenturm mit sechs Glocken, von denen die größte 106 Pud wog. Von der alten Kirche sind zwei Ikonen und eine Zinnschale erhalten geblieben.

Die erste Kirche in Junakowka existierte bis 1793. In diesem Jahr wurde erlaubt, die baufällige Holzkirche abzureißen und an ihrer Stelle eine neue Steinkirche mit drei Altären zu bauen: zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra, des Erzengels Michael und zur Feier der Geburt der Heiligen Gottesmutter. Der Hauptaltar war der Geburt der Gottesmutter gewidmet, und seitdem wurde die Kirche „Geburt-Gottesmutter-Kirche“ genannt. Dieser majestätische Tempel wurde ausschließlich durch Spenden der Gemeindemitglieder über einen Zeitraum von 13 Jahren erbaut und wurde 1806 fertiggestellt.

Im Jahr 1823 wurde der alte Glockenturm abgerissen, und ein neuer wurde dank des Priesters Kornilij Krasnokutski errichtet, der dafür 10.000 Rubel spendete. Der endgültige Ausbau des Glockenturms wurde 1827 durch die Bemühungen des Priesters Wassilij Maximowitsch Nikolskij abgeschlossen. Im Glockenturm hing eine große Glocke mit einem Gewicht von 206 Pud, mit der Inschrift: „Diese Glocke wurde durch die Bemühungen und Fürsorge des ehrwürdigen Protopresbyters W. Nikolskij im Jahr 1857 hergestellt“.

Im Jahr 1874 wurde im unteren Kellergeschoss der Kirche eine warme Kirche zu Ehren der Drei Heiligen Väter eingerichtet. Wassilij Maximowitsch Nikolskij diente von 1826 bis 1882 in der Junakowka-Kirche und hinterließ ein gutes Andenken. In der Kirche wird seit langem ein wundertätiges Ikone des Heiligen Nikolaus aufbewahrt, geschmückt mit einem silbervergoldeten Gewand mit Edelsteinen und Emaille. Dies ist ein Geschenk der Besitzer des Junakowka-Gutes N. I. und M. M. Leszczynski.

Die genaue Zeit des Erscheinens dieses Ikone ist unbekannt, aber es gibt eine Überlieferung, dass sie in Junakowka vor dem Bau der ersten Kirche erschien und vorübergehend in der Loknjaner Kirche war. Später wurde für die Ikone eine hölzerne Kapelle gebaut, und dann wurde sie in die erste Kirche übertragen. In den Kirchenunterlagen sind viele Wunder aufgezeichnet, die mit diesem Ikone verbunden sind. Zum Beispiel riefen im Jahr 1770 drei Kaufleute aus Kursk, die sich vor Räubern retteten, den Heiligen Nikolaus um Hilfe an, und die Räuber wurden blind, weil sie sie nicht sahen.

In der Geburt-Gottesmutter-Kirche befindet sich auch eine verehrte Ikone der Achtyrischen Gottesmutter mit einem silbervergoldeten Gewand. Auf dem Gewand steht die Inschrift: „Dieses Gewand wurde zum Gedenken an die Rettung vor der Dürre durch die Gebete der Gottesmutter, das Bemühen der Geistlichen und der Gemeindemitglieder im Jahr 1892 errichtet“. Im Frühjahr 1892 drohte die Dürre der Ernte, aber nach einem besonderen Gebet vor der Ikone begann es zu regnen, was drei Tage anhielt und die Saaten rettete.

In den letzten Jahren stand die Kirche der Geburt der Gottesmutter in Junakowka unter der Verwaltung des Kiewer Patriarchats. Nach gerichtlichen Auseinandersetzungen wurde die Kirche im Jahr 2010 an das Bistum Sumy der Ukrainischen Orthodoxen Kirche übergeben. Die Weihe der Kirche fand am 3. Juni 2010 durch den Bischof von Sumy und Achtyrja, Evlogij, statt. Derzeit befindet sich die Kirche in der Phase der Restaurierung und Wiederherstellung.