L'année exacte de la construction de la première église à Younakovka est inconnue. Cependant, l'ordinaire Philaret avait des documents confirmant qu'en 1709, il existait déjà un temple à Younakovka dédié à Saint Nicolas le Thaumaturge. Selon l'inventaire de 1785, l'église était grande, en bois, à un autel, à cinq coupoles, avec des annexes de chaque côté, lui donnant une forme cruciforme. Les cinq coupoles étaient dorées. Une cloche en bois se tenait séparément avec six cloches, la plus grande pesant 106 pouds. De l'ancienne église, deux icônes et un calice en étain ont été conservés.

La première église à Younakovka a existé jusqu'en 1793. Cette année-là, il a été permis de démonter l'ancienne église en bois vétuste et de construire à sa place une nouvelle église en pierre avec trois autels : au nom de Saint Nicolas le Thaumaturge, de l'archange Michel et en l'honneur de la Nativité de la Sainte Vierge. L'autel principal était dédié à la Nativité de la Vierge, et depuis lors, l'église a été appelée « Église de la Nativité de la Vierge ». Ce majestueux temple a été construit exclusivement grâce aux dons des paroissiens pendant 13 ans et a été achevé en 1806.

En 1823, l'ancienne cloche a été démontée, et une nouvelle a été construite grâce au prêtre Kornilius Krasnokoutsky, qui a fait un don de 10 000 roubles pour cela. La finition finale de la cloche a été achevée en 1827 grâce aux efforts du prêtre Vassili Maximovitch Nikolsky. Sur la cloche se trouvait une grande cloche pesant 206 pouds avec l'inscription : « Cette cloche a été faite par le soin et la préoccupation du prêtre V. Nikolsky en 1857 ».

En 1874, une église chaude a été aménagée au sous-sol du temple au nom des Trois Saints. Vassili Maximovitch Nikolsky a servi dans l'église de Younakovka de 1826 à 1882, laissant un bon souvenir de lui. Il était un pasteur inflexible jusqu'à un âge avancé. Dans l'église, depuis longtemps, se trouve une icône miraculeuse de Saint Nicolas, ornée d'une chasuble en argent doré avec des pierres précieuses et de l'émail. C'est un don des propriétaires du domaine de Younakovka, N. I. et M. M. Leszczynski.

Le moment exact de l'apparition de cette icône est inconnu, mais il existe une tradition selon laquelle elle est apparue à Younakovka avant la construction de la première église et a été temporairement située dans l'église de Loknyansk. Plus tard, une chapelle en bois a été construite pour l'icône, puis elle a été transférée dans la première église. Dans le registre de l'église, de nombreux miracles liés à cette icône sont enregistrés. Par exemple, en 1770, trois marchands de Kouïsk, fuyant des bandits, ont appelé à l'aide Saint Nicolas, et les bandits ont été aveuglés, ne les voyant pas.

Dans l'église de la Nativité de la Vierge se trouve également une icône vénérée de la Mère de Dieu d'Akhytir avec une chasuble en argent doré. Sur la chasuble, il y a une inscription : « Cette chasuble a été construite en mémoire de la délivrance de la sécheresse par les prières de la Mère de Dieu, grâce aux efforts des clercs et des paroissiens en 1892 ». Au printemps 1892, la sécheresse menaçait la récolte, mais après une prière spéciale devant l'icône, la pluie a commencé, qui a duré trois jours et a sauvé les cultures.

Ces dernières années, l'église de la Nativité de la Vierge à Younakovka était sous la direction du Patriarcat de Kiev. Après des procédures judiciaires en 2010, l'église a été transférée à l'Éparchie de Soumy de l'Église Orthodoxe Ukrainienne. La consécration du temple a eu lieu le 3 juin 2010 par l'évêque de Soumy et Akhtyrka, Evlogy. Actuellement, le temple est en cours de restauration et de réhabilitation.