El año exacto de la construcción de la primera iglesia en Yunakovka es desconocido. Sin embargo, el obispo Filaret tenía documentos que confirmaban que en 1709 ya existía un templo en Yunakovka dedicado a San Nicolás el Milagroso. Según el inventario de 1785, la iglesia era grande, de madera, de un solo altar, con cinco cúpulas, y con anexos en cuatro lados que le daban forma de cruz. Las cinco cúpulas estaban doradas. Aparte, había un campanario de madera con seis campanas, la más grande de las cuales pesaba 106 pud. De la antigua iglesia se conservaron dos íconos y una copa de estaño.

La primera iglesia en Yunakovka existió hasta 1793. En ese año se permitió desmantelar la vieja iglesia de madera y construir en su lugar una nueva de piedra con tres altares: en honor a San Nicolás el Milagroso, al Arcángel Miguel y en honor a la Natividad de la Santísima Virgen. El altar principal estaba dedicado a la Natividad de la Virgen, y desde entonces la iglesia pasó a llamarse "Iglesia de la Natividad de la Virgen". Este majestuoso templo se construyó exclusivamente con donaciones de los feligreses durante 13 años y fue terminado en 1806.

En 1823, el antiguo campanario fue desmantelado y se construyó uno nuevo gracias al sacerdote Cornelio Krasnokutski, quien donó 10 mil rublos para ello. El acabado final del campanario se completó en 1827 gracias a los esfuerzos del sacerdote Basilio Maximovich Nikolsky. En el campanario había una gran campana que pesaba 206 pud con la inscripción: "Esta campana fue hecha por el esfuerzo y la preocupación del archipreste V. Nikolsky en 1857".

En 1874, en el piso inferior del templo se organizó una iglesia cálida en honor a los Tres Santos Padres. Basilio Maximovich Nikolsky sirvió en la iglesia de Yunakovka desde 1826 hasta 1882, dejando un buen recuerdo de sí mismo. Fue un pastor incansable hasta una edad avanzada. En la iglesia se ha guardado desde tiempos antiguos un ícono milagroso de San Nicolás, adornado con un manto de plata dorada con piedras preciosas y esmalte. Este es un regalo de los propietarios de la finca de Yunakovka, N. I. y M. M. Leshchinski.

El momento exacto de la aparición de este ícono es desconocido, pero existe una tradición que dice que apareció en Yunakovka antes de la construcción de la primera iglesia y estuvo temporalmente en la iglesia de Loknya. Más tarde, se construyó una capilla de madera para el ícono, y luego fue trasladado a la primera iglesia. En el registro de la iglesia se anotaron muchos milagros relacionados con este ícono. Por ejemplo, en 1770, tres comerciantes de Kursk, al escapar de los bandidos, invocaron la ayuda de San Nicolás, y los bandidos quedaron ciegos, sin poder verlos.

En la iglesia de la Natividad de la Virgen también se encuentra un venerado ícono de la Madre de Dios de Akhtyrka con un manto de plata dorada. En el manto hay una inscripción: "Este manto fue construido en memoria de la liberación de la sequía por las oraciones de la Madre de Dios, el esfuerzo de los clérigos y feligreses en 1892". En la primavera de 1892, la sequía amenazaba la cosecha, pero después de una oración especial ante el ícono, comenzó a llover, lo que duró tres días y salvó las siembras.

En los últimos años, la iglesia de la Natividad de la Virgen en Yunakovka estuvo bajo la administración del Patriarcado de Kiev. Después de litigios en 2010, la iglesia fue transferida a la Diócesis de Sumy de la Iglesia Ortodoxa Ucraniana. La consagración del templo tuvo lugar el 3 de junio de 2010 por el obispo de Sumy y Akhtyrka, Evlogio. Actualmente, el templo se encuentra en proceso de restauración y recuperación.