В 1771 году в селе произошел пожар, уничтоживший церковь, посвященную святому Михаилу Архангелу. Деревянная церковь в честь Архангела Михаила была возведена между 1723 и 1770 годами, однако точная дата её постройки неизвестна. Поздние документы, такие как клировые ведомости прихода, сообщают о наличии в селе двух деревянных церквей и отдельно стоящей деревянной колокольни. Первая церковь носила имя Рождества Пресвятой Богородицы, а вторая, посвященная Архистратигу Михаилу с приделом трех святителей, Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста, была восстановлена в 1774 году после пожара 1771 года. Колокольня находилась рядом с церквями, а кладбище располагалось при них.

К началу XIX века стало очевидно, что церкви начали ветшать. В 1819 году прихожане собрались и решили построить новую каменную церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы с приделами Архистратига Михаила и трех Святителей вместо двух деревянных, одна из которых уже приходила в негодность.

В 1841 году протоиерей Василий Соколов сообщил о завершении строительства церкви. Однако из-за нехватки средств на отделку центрального иконостаса службы проводились в трапезной части, где были освящены два придела: первый в честь трех святителей в 1829 году, второй, Архистратига Михаила в 1830 году. После долгих поисков средств на внутреннюю отделку освящение Рождественского храма состоялось 8 сентября 1848 года протоиереем Василием Соколовым.

На старых фотографиях и чертежах церковь изображена с колокольней, которая была построена почти через десять лет после освящения церкви Рождества Пресвятой Богородицы.

Долгое время оставалось загадкой, почему в селе Хохлома до революции отмечали три престольных праздника: Рождество Богородицы, Михайлов день в честь Собора Архистратига Михаила и особо почитаемый праздник Петра и Павла. Позже была найдена запись о церкви или приделе, посвященном этим апостолам. Она была построена усилиями прихожан в 1881 году на месте церкви Богородице-Рождественской и освящена в 1882 году.

Богослужения в Богородице-Рождественском храме продолжались до 1937 года, когда местные власти приняли решение о его закрытии. 24 февраля 1938 года секретарь Ковернинского райисполкома объявил приходскому церковному совету о ликвидации церкви.

В 1943-1944 годах здание церкви переоборудовали под мастерскую МТС, а позже там разместились ремонтные мастерские колхоза. В 1980-е годы купол храма разрушился, и церковь долгое время оставалась в запустении.

В 2013 году на месте руин каменного храма Рождества Пресвятой Богородицы установили поклонный крест и провели молебен. В настоящее время в селе действует молитвенный дом, где регулярно проходят службы.