En 1771, un incendio destruyó la iglesia dedicada al santo Miguel Arcángel. La iglesia de madera en honor al Arcángel Miguel fue construida entre 1723 y 1770, aunque la fecha exacta de su construcción es desconocida. Documentos posteriores, como los registros parroquiales, informan sobre la existencia de dos iglesias de madera en el pueblo y un campanario de madera independiente. La primera iglesia llevaba el nombre de la Natividad de la Santísima Virgen, y la segunda, dedicada al Arcángel Miguel con una capilla de tres santos, Basilio el Grande, Gregorio el Teólogo e Ignacio de Antioquía, fue restaurada en 1774 tras el incendio de 1771. El campanario estaba ubicado junto a las iglesias, y el cementerio se encontraba cerca de ellas.

A principios del siglo XIX, se hizo evidente que las iglesias comenzaron a deteriorarse. En 1819, los feligreses se reunieron y decidieron construir una nueva iglesia de piedra en nombre de la Natividad de la Santísima Virgen con capillas del Arcángel Miguel y de los tres Santos en lugar de las dos de madera, una de las cuales ya estaba en mal estado.

En 1841, el protoierey Vasili Sokolov informó sobre la finalización de la construcción de la iglesia. Sin embargo, debido a la falta de fondos para la decoración del iconostasio central, los servicios se llevaron a cabo en la parte del comedor, donde se consagraron dos capillas: la primera en honor a los tres santos en 1829, y la segunda, del Arcángel Miguel, en 1830. Después de largas búsquedas de fondos para la decoración interior, la consagración de la iglesia de Navidad tuvo lugar el 8 de septiembre de 1848 por el protoierey Vasili Sokolov.

En antiguas fotografías y planos, la iglesia aparece con un campanario, que fue construido casi diez años después de la consagración de la iglesia de la Natividad de la Santísima Virgen.

Durante mucho tiempo fue un misterio por qué en el pueblo de Kholoma se celebraban tres festividades: la Natividad de la Virgen, el día de Miguel en honor al Concilio del Arcángel Miguel y la festividad especialmente venerada de Pedro y Pablo. Más tarde se encontró un registro de la iglesia o capilla dedicada a estos apóstoles. Fue construida por los esfuerzos de los feligreses en 1881 en el lugar de la iglesia de la Natividad de la Virgen y fue consagrada en 1882.

Los servicios en la iglesia de la Natividad de la Virgen continuaron hasta 1937, cuando las autoridades locales decidieron cerrarla. El 24 de febrero de 1938, el secretario del comité ejecutivo del distrito de Koverninsky anunció al consejo parroquial sobre la liquidación de la iglesia.

En 1943-1944, el edificio de la iglesia fue convertido en un taller de MTS, y más tarde se instalaron talleres de reparación del koljós. En la década de 1980, la cúpula de la iglesia se derrumbó, y la iglesia permaneció en abandono durante mucho tiempo.

En 2013, en el lugar de las ruinas de la iglesia de piedra de la Natividad de la Santísima Virgen, se erigió una cruz de oración y se realizó un servicio. Actualmente, en el pueblo hay una casa de oración donde se llevan a cabo servicios regularmente.