En 1771, un incendie a détruit l'église dédiée à saint Michel Archange dans le village. L'église en bois en l'honneur de l'Archange Michel a été construite entre 1723 et 1770, mais la date exacte de sa construction est inconnue. Des documents ultérieurs, tels que les états de paroisse, rapportent la présence de deux églises en bois dans le village et d'un clocher en bois séparé. La première église portait le nom de la Nativité de la Sainte Vierge, tandis que la seconde, dédiée à l'Archange Michel avec une chapelle des trois saints, Basile le Grand, Grégoire le Théologien et Jean Chrysostome, a été restaurée en 1774 après l'incendie de 1771. Le clocher était situé à côté des églises, et le cimetière se trouvait à proximité.

Au début du XIXe siècle, il est devenu évident que les églises commençaient à se détériorer. En 1819, les paroissiens se sont réunis et ont décidé de construire une nouvelle église en pierre au nom de la Nativité de la Sainte Vierge avec des chapelles de l'Archange Michel et des trois Saints à la place des deux en bois, dont l'une était déjà en mauvais état.

En 1841, le prêtre Vasily Sokolov a annoncé l'achèvement de la construction de l'église. Cependant, en raison d'un manque de fonds pour la décoration du chœur central, les services étaient célébrés dans la partie réfectoire, où deux chapelles ont été consacrées : la première en l'honneur des trois saints en 1829, la seconde, celle de l'Archange Michel en 1830. Après de longues recherches de fonds pour l'aménagement intérieur, la consécration de l'église de la Nativité a eu lieu le 8 septembre 1848 par le prêtre Vasily Sokolov.

Sur d'anciennes photographies et plans, l'église est représentée avec un clocher, qui a été construit presque dix ans après la consécration de l'église de la Nativité de la Sainte Vierge.

Il est longtemps resté un mystère pourquoi dans le village de Kholoma, avant la révolution, trois fêtes patronales étaient célébrées : la Nativité de la Vierge, le jour de Michel en l'honneur du Concile de l'Archange Michel et la fête particulièrement vénérée de Pierre et Paul. Plus tard, un enregistrement concernant une église ou une chapelle dédiée à ces apôtres a été trouvé. Elle a été construite par les efforts des paroissiens en 1881 à l'emplacement de l'église de la Nativité de la Vierge et consacrée en 1882.

Les services dans l'église de la Nativité de la Vierge ont continué jusqu'en 1937, lorsque les autorités locales ont décidé de la fermer. Le 24 février 1938, le secrétaire du comité exécutif du district de Koverninsky a annoncé au conseil paroissial la liquidation de l'église.

En 1943-1944, le bâtiment de l'église a été réaménagé en atelier MTS, puis il a été occupé par les ateliers de réparation du kolkhoze. Dans les années 1980, le dôme de l'église s'est effondré, et l'église est restée longtemps à l'abandon.

En 2013, à l'emplacement des ruines de l'église en pierre de la Nativité de la Sainte Vierge, une croix de pèlerinage a été installée et une prière a été célébrée. Actuellement, un lieu de prière fonctionne dans le village, où des services ont lieu régulièrement.