С 1630 года Белый город был окружён каменной стеной, а до этого его защищал деревянный тын из заострённых брёвен, врытых в землю, и назывался он острогом. Этот острог был возведён в 1559 году дьяком Иваном Выродковым, который был отправлен для строительства астраханского кремля. Он же построил и первую церковь в остроге в честь Рождества Пресвятой Богородицы, предположительно в 1560 году. Изначально она была деревянной и имела один престол.

Строительство этой церкви было обусловлено особыми причинами. Царь Иоанн Васильевич Грозный, как и многие образованные люди того времени, включая святого митрополита Московского Макария, верил, что Астрахань, это древняя Тмутаракань, один из уделов русских князей. В 1556 году, отправляя войска на покорение Астраханского ханства, царь вспоминал, как его предок, святой князь Владимир Киевский, раздавая земли своим детям, передал Тмутаракань сыну Мстиславу, который построил там храм в честь Пречистой Богородицы. В память об этом, царь поручил дьяку Выродкову построить церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы, чтобы подчеркнуть духовную преемственность между древней Тмутараканью и новой Астраханью.

Первоначально храм служил главным собором города до 1568 года, когда игумен Кирилл возвёл в кремле новый собор в честь Сретения Владимирской иконы Божией Матери. После этого Рождество-Богородицкая церковь стала обычным приходским храмом, прихожанами которого были в основном стрельцы. В 1630-х годах в Белом городе разместились конные стрельцы, и это место стало называться Стрелецким городком или Слободой. К концу XVII века церковь обветшала и в 1684 году была полностью перестроена по указу Патриарха Иоакима, который распорядился изменить её архитектуру.

После революции 1917 года Рождество-Богородицкий храм дважды становился соборным храмом Астрахани. В первый раз с января по апрель 1918 года, когда после боёв доступ в кремль и Успенский собор был закрыт. Второй раз, после захвата собора обновленцами в 1923 году, когда архиепископ Фаддей Успенский сделал его своей кафедрой.

В феврале 1924 года обновленцы захватили нижний храм, а в апреле и верхний. В 1930-е годы местные власти отобрали храм у обновленцев. Хотя Рождество-Богородицкий храм был признан памятником архитектуры, комиссия в 1932 году решила его снести, считая, что в городе достаточно одного барочного храма, Успенского собора. В том же году храм был разобран. Сейчас на его месте, на пересечении современных улиц Советской и Коммунистической, находится сквер Пушкина.