Церковь Рождества Иоанна Предтечи является одной из выдающихся построек строгановского стиля московского барокко. Она украшена резным декором, который выделяется на фоне красных стен, и увенчана пятиглавием, что подчеркивает её значение как главного входа в монастырь.

В XIX веке клеевая настенная живопись внутри храма была заменена на масляную, с акцентом на сюжеты из жизни святого Иоанна Предтечи. Фасады окрасили в красно-кирпичный цвет, а белокаменный декор выделили побелкой. В 1872 году в церкви появился новый иконостас, который был утрачен после закрытия Лавры в 1919 году. В 1946 году, после восстановления монашеского общежития, в церкви установили новый золоченый резной иконостас в стиле ампир первой трети XIX века.

В 1974-1978 годах проводились значительные реставрационные работы надвратного храма. Были восстановлены четыре боковые главы, разобранные в 1806 году, обновлены иконостас и настенная живопись внутри храма, а также живопись в арке ворот.

В 2006-2010 годах церковь вновь подверглась реставрации. Работы начались с историко-архивных и натурных исследований, очистки фасадов от поздних покрасок и изучения системы раскраски, включая бриллиантовый руст стен и растительный орнамент белокаменных элементов колонн и пилястр. Эти исследования позволили приступить к восстановлению первоначальной системы покраски фасадов и ремонту белокаменного декора.

В 2008 году были отремонтированы каркасы и покрытия глав церкви, возобновлена позолота глав и крестов. В 2009-2010 годах продолжились работы по реставрации фасадов, восстановлению их первоначальной полихромной раскраски в бриллиантовый руст, росписи колонн в виде виноградной лозы и полихромной раскраски карнизов и других деталей.

В 2013-2015 годах проведены работы по реставрации настенной живописи, изразцов печи, икон, иконостаса, замене оконных заполнений галереи, реставрации гранитных ступеней, стропильной системы кровли и четверика.