La Iglesia del Nacimiento de San Juan Bautista es una de las destacadas construcciones del estilo estróganov de barroco moscovita. Está decorada con un tallado que resalta sobre el fondo de las paredes rojas y está coronada por cinco cúpulas, lo que subraya su importancia como entrada principal al monasterio.

En el siglo XIX, la pintura mural a base de cola en el interior del templo fue reemplazada por pintura al óleo, con un enfoque en escenas de la vida de San Juan Bautista. Las fachadas fueron pintadas de color rojo ladrillo, y el decorado de piedra blanca fue resaltado con cal. En 1872, la iglesia recibió un nuevo iconostasio, que se perdió tras el cierre del monasterio en 1919. En 1946, después de la restauración del convento, se instaló un nuevo iconostasio tallado y dorado en estilo imperio de la primera mitad del siglo XIX.

Entre 1974 y 1978 se llevaron a cabo importantes trabajos de restauración en la iglesia de entrada. Se restauraron las cuatro cúpulas laterales, desmontadas en 1806, se renovó el iconostasio y la pintura mural en el interior del templo, así como la pintura en el arco de la puerta.

Entre 2006 y 2010, la iglesia fue nuevamente restaurada. Los trabajos comenzaron con investigaciones históricas y de archivo, limpieza de las fachadas de pinturas posteriores y estudio del sistema de coloración, incluyendo el rústico diamante de las paredes y el ornamento vegetal de los elementos de piedra blanca de las columnas y pilastras. Estas investigaciones permitieron comenzar la restauración del sistema original de pintura de las fachadas y la reparación del decorado de piedra blanca.

En 2008, se repararon las estructuras y cubiertas de las cúpulas de la iglesia, y se renovó la doradura de las cúpulas y cruces. En 2009-2010 continuaron los trabajos de restauración de las fachadas, restaurando su coloración policromada original en rústico diamante, la pintura de las columnas en forma de vid y la coloración policromada de los cornisas y otros detalles.

Entre 2013 y 2015 se realizaron trabajos de restauración de la pintura mural, de los azulejos de la estufa, de los íconos, del iconostasio, de los rellenos de las ventanas de la galería, de las escaleras de granito, del sistema de vigas del techo y del tambor.