Деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи на Нижнем посаде известна с XV века. В начале XVII века она включала трапезную и паперть.

В 1676 году купец Гавриил Дранишников, вернувшийся из Астрахани, получил благословение митрополита Филарета на строительство каменного храма за свой счёт. Это должно было подтвердить его приверженность православию, так как его жена Анна и сын, став старообрядцами, бежали в Керженские скиты. После смерти Дранишникова 24 августа 1679 года храм достроил его брат Лаврентий, добавив южный придел в честь мученицы Анны в память о жене.

Храм, выполненный в виде корабля, стоял на высоком кирпичном подхрамье с лавками, сдаваемыми в аренду купцам. В 1814 году к северной стороне трапезной пристроили Духовской придел.

В результате градостроительных изменений 1834 и 1839 годов было приказано убрать строения вокруг Кремля, что привело к разрушению дренажной системы и подмыванию фундаментов. Ремонт в 1830-1840-х годах проводили архитекторы Антон Леер, Иван Ефимов и Георг Кизеветтер.

В 1855 году к церкви добавили шатровую часовню Александра Невского и сторожку. В 1870 году перестроили колокольню. В 1881 и 1885 годах снова потребовались ремонтные работы, а в 1899 году после разрыва железной связи переложили алтарь.

В 1937 году церковь закрыли, а последнего настоятеля расстреляли. В советское время в здании располагалась спортивная школа мотоциклистов ДОСААФ.

В 90-е годы XX века храм вернули Нижегородской епархии, и с 1994 года возобновились богослужения. В июне 2004 года начались восстановительные работы, финансируемые меценатами, из которых 60 млн рублей предоставил Балахнинский ЦБК. 4 апреля 2005 года освятили три новых креста для куполов, два из которых уже были установлены. 5 августа 2005 года на колокольню установили купол и крест. 4 ноября 2005 года церковь освятил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Во время ремонта службы не прекращались.

В ходе восстановления возвели подпорную бетонную стену и вернули нулевые отметки к уровню XIX века.

В 2009 году при храме начал работать православный лекторий.