В дореволюционные времена село Ильинское считалось одной из жемчужин ближайшего Подмосковья. Здесь находилось имение Великого Князя Сергея Александровича и его жены Елизаветы Федоровны. Хотя многое изменилось с тех пор, храм пророка Ильи, построенный в первой трети XIX века на пожертвования прихожан, остался одним из немногих напоминаний о тех временах.

История православного храма в этом месте гораздо древнее и уходит в XV век, когда село Ильинское стало известным и позже вошло в состав Алексеевского женского монастыря. В Смутное время Ильинское подверглось разграблению, но, в отличие от многих других населенных пунктов, не исчезло с карты Московского государства. При Романовых село было восстановлено, а поврежденная церковь отреставрирована. К началу XIX века старая церковь обветшала, и прихожане решили построить новую.

В конце XIX века в село переехали Великий Князь Сергей Александрович и Елизавета Федоровна, которые долгое время жили в своем имении в Ильинском. Тогда же здесь был построен первый родильный дом на средства Великого Князя. В 1914 году при храме открылась школа, и Ильинское буквально расцвело. Однако с приходом советской власти все изменилось: усадьба была разрушена, а храм закрыт. Лишь в 1992 году начались восстановительные работы, и с 1996 года богослужения возобновились и больше не прерывались.

Интересно, что в прежнем здании храма пророка Ильи был похоронен граф Захар Григорьевич Чернышев, первый генерал-губернатор Москвы. Позже его прах перенесли в церковь Казанской иконы Божьей Матери, которая находилась при его усадьбе и сейчас пребывает в заброшенном состоянии.