Dans les temps pré-révolutionnaires, le village d'Ilyinskoye était considéré comme l'une des perles des environs de Moscou. C'était le domaine du Grand Prince Serge Alexandrovitch et de sa femme Élisabeth Fiodorovna. Bien que beaucoup de choses aient changé depuis, l'église du prophète Élie, construite au début du XIXe siècle grâce aux dons des paroissiens, est restée l'un des rares souvenirs de cette époque.

L'histoire de l'église orthodoxe à cet endroit est beaucoup plus ancienne et remonte au XVe siècle, lorsque le village d'Ilyinskoye est devenu célèbre et a ensuite été intégré au monastère féminin d'Alekseïevski. Pendant le Temps des troubles, Ilyinskoye a été pillé, mais, contrairement à de nombreux autres lieux, il n'a pas disparu de la carte de l'État moscovite. Sous les Romanov, le village a été restauré et l'église endommagée a été rénovée. Au début du XIXe siècle, l'ancienne église était en ruine, et les paroissiens ont décidé de construire une nouvelle.

À la fin du XIXe siècle, le Grand Prince Serge Alexandrovitch et Élisabeth Fiodorovna ont déménagé dans le village, où ils ont longtemps vécu dans leur domaine à Ilyinskoye. C'est à cette époque qu'a été construit le premier hôpital de maternité grâce aux fonds du Grand Prince. En 1914, une école a ouvert ses portes près de l'église, et Ilyinskoye a littéralement fleuri. Cependant, avec l'arrivée du pouvoir soviétique, tout a changé : le domaine a été détruit et l'église fermée. Ce n'est qu'en 1992 que les travaux de restauration ont commencé, et depuis 1996, les services religieux ont repris et ne se sont plus interrompus.

Il est intéressant de noter que dans l'ancien bâtiment de l'église du prophète Élie a été enterré le comte Zakhar Grigorievitch Tchernychev, premier gouverneur général de Moscou. Plus tard, ses restes ont été transférés à l'église de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan, qui se trouvait dans son domaine et qui est maintenant dans un état d'abandon.