In der Zeit vor der Revolution galt das Dorf Iljinskoje als eines der Juwelen des nahen Moskau. Hier befand sich das Anwesen des Großherzogs Sergei Alexandrowitsch und seiner Frau Elisabeth Fjodorowna. Obwohl sich seitdem vieles verändert hat, ist die im frühen 19. Jahrhundert auf Spenden der Gemeindemitglieder errichtete Kirche des Propheten Elias eines der wenigen Überbleibsel aus jener Zeit.

Die Geschichte der orthodoxen Kirche an diesem Ort ist viel älter und reicht bis ins 15. Jahrhundert zurück, als das Dorf Iljinskoje bekannt wurde und später Teil des Alexejewski Frauenklosters wurde. In der Zeit der Wirren wurde Iljinskoje geplündert, doch im Gegensatz zu vielen anderen Orten verschwand es nicht von der Karte des Moskauer Staates. Unter den Romanows wurde das Dorf wiederhergestellt und die beschädigte Kirche restauriert. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts war die alte Kirche baufällig, und die Gemeindemitglieder beschlossen, eine neue zu bauen.

Ende des 19. Jahrhunderts zogen der Großherzog Sergei Alexandrowitsch und Elisabeth Fjodorowna in das Dorf, wo sie lange Zeit in ihrem Anwesen in Iljinskoje lebten. Damals wurde hier das erste Entbindungsheim mit Mitteln des Großherzogs errichtet. 1914 wurde an der Kirche eine Schule eröffnet, und Iljinskoje blühte förmlich auf. Doch mit dem Kommen der sowjetischen Macht änderte sich alles: das Anwesen wurde zerstört und die Kirche geschlossen. Erst 1992 begannen die Restaurierungsarbeiten, und seit 1996 werden die Gottesdienste wieder abgehalten und nicht mehr unterbrochen.

Interessant ist, dass im früheren Gebäude der Kirche des Propheten Elias Graf Zachar Grigorjewitsch Tschernyschew, der erste Generalgouverneur von Moskau, beigesetzt wurde. Später wurde sein Leichnam in die Kirche der Kazan-Muttergottes übertragen, die sich auf seinem Anwesen befand und sich jetzt in einem verlassenen Zustand befindet.