Байкаловский приход был основан в начале XVII века. Первая церковь в селе носила имя Рождества Христова, хотя её история остаётся неизвестной, упоминания о ней датируются 1710 годом. В начале XVIII века была построена деревянная церковь во имя пророка Илии, которая сгорела в одном из пожаров. На её месте жители Байкалово вновь возвели деревянную Ильинскую церковь. В 1779 году неподалёку был заложен каменный храм с двумя приделами: главный в честь Покрова Божией Матери, освящённый в 1800 году, и северный в честь Рождества Христова, освящённый в 1797 году. В 1819 году в колокольне был освящён ещё один придел в честь Рождества Иоанна Крестителя. В 1860 году деревянная церковь пророка Илии была разобрана, но перед этим в 1858 году был освящён новый придел храма в честь пророка Илии.

С 1879 по 1882 год храм подвергся значительной перестройке: его почти полностью обновили, расширили и подняли. Придел в колокольне был упразднён, а северный придел переименован в честь Рождества Иоанна Предтечи. Внешний вид храма сильно изменился после перестройки, и приделы были заново освящены. Главный придел был освящён в 1800 году. Высота колокольни со шпилем достигала 51 метра, а главный колокол, по воспоминаниям старожилов, был слышен за 7 верст в деревне Малковой. К этому времени храм строился не только на пожертвования прихожан, но и за счёт доходов от магазинов и лавок, которые использовались для благоустройства храма. Священники получали жалование из государственной казны.

К 1917 году в Байкалово служили три священника, им помогали диакон и три псаломщика. Установились традиции проведения ярмарок: трёхдневной к Празднику Крещения, недельных к Покрову и Рождеству Иоанна Предтечи.

Вопрос о судьбе церкви стал актуальным в мае 1925 года. Протокол №9 от 29 декабря 1929 года постановил закрыть церковь и передать её под клуб, с пометкой «Оглашению не подлежит». В 1930-е годы церковь лишилась крестов, купола и колокольни. В здании долгое время размещался клуб, а затем Дом Пионеров.

5 ноября 1992 года приход был зарегистрирован, и в 1993 году здание церкви вернули верующим. Сейчас храм находится в процессе восстановления.