Die Baikalower Gemeinde wurde zu Beginn des 17. Jahrhunderts gegründet. Die erste Kirche im Dorf trug den Namen der Geburt Christi, obwohl ihre Geschichte unbekannt bleibt; Erwähnungen datieren auf das Jahr 1710. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde eine Holzkirche im Namen des Propheten Elia erbaut, die in einem der Brände verbrannte. An ihrer Stelle errichteten die Bewohner von Baikalowo erneut die hölzerne Elia-Kirche. 1779 wurde in der Nähe ein steinernes Gotteshaus mit zwei Seitenaltären errichtet: der Hauptaltar zu Ehren des Schutzmantels der Gottesmutter, geweiht im Jahr 1800, und der nördliche zu Ehren der Geburt Christi, geweiht im Jahr 1797. 1819 wurde in der Glockenturm ein weiterer Altar zu Ehren der Geburt Johannes des Täufers geweiht. 1860 wurde die Holzkirche des Propheten Elia abgerissen, aber zuvor wurde 1858 ein neuer Altar der Kirche zu Ehren des Propheten Elia geweiht.

Von 1879 bis 1882 wurde die Kirche erheblich umgebaut: sie wurde fast vollständig erneuert, erweitert und erhöht. Der Altar im Glockenturm wurde aufgehoben, und der nördliche Altar wurde in den Namen der Geburt Johannes des Täufers umbenannt. Das äußere Erscheinungsbild der Kirche änderte sich stark nach dem Umbau, und die Altäre wurden neu geweiht. Der Hauptaltar wurde im Jahr 1800 geweiht. Die Höhe des Glockenturms mit dem Spitzdach erreichte 51 Meter, und die Hauptglocke, so erinnern sich die alten Bewohner, war in 7 Werst im Dorf Malkowo zu hören. Zu dieser Zeit wurde die Kirche nicht nur durch Spenden der Gemeindemitglieder, sondern auch durch Einnahmen aus Geschäften und Läden finanziert, die zur Verschönerung der Kirche verwendet wurden. Die Priester erhielten ein Gehalt aus der Staatskasse.

Bis 1917 dienten in Baikalowo drei Priester, unterstützt von einem Diakon und drei Psalmodisten. Es etablierten sich Traditionen zur Durchführung von Märkten: dreitägige zum Fest der Taufe, wöchentliche zum Schutzmantel und zur Geburt Johannes des Täufers.

Die Frage nach dem Schicksal der Kirche wurde im Mai 1925 aktuell. Das Protokoll Nr. 9 vom 29. Dezember 1929 beschloss, die Kirche zu schließen und sie in einen Klub umzuwandeln, mit dem Vermerk „Nicht zur Bekanntmachung“. In den 1930er Jahren verlor die Kirche ihre Kreuze, Kuppel und den Glockenturm. Im Gebäude befand sich lange Zeit ein Klub und später ein Pionierhaus.

Am 5. November 1992 wurde die Gemeinde registriert, und 1993 wurde das Gebäude der Kirche den Gläubigen zurückgegeben. Jetzt befindet sich die Kirche im Wiederherstellungsprozess.