La parroquia de Baikalovo fue fundada a principios del siglo XVII. La primera iglesia en el pueblo llevaba el nombre de la Natividad de Cristo, aunque su historia sigue siendo desconocida, las menciones sobre ella datan de 1710. A principios del siglo XVIII se construyó una iglesia de madera en honor al profeta Elías, que se quemó en uno de los incendios. En su lugar, los habitantes de Baikalovo volvieron a erigir la iglesia de madera de Elías. En 1779, cerca de allí se fundó un templo de piedra con dos capillas: la principal en honor a la Protección de la Madre de Dios, consagrada en 1800, y la del norte en honor a la Natividad de Cristo, consagrada en 1797. En 1819, se consagró otra capilla en el campanario en honor a la Natividad de Juan Bautista. En 1860, la iglesia de madera del profeta Elías fue desmantelada, pero antes de eso, en 1858, se consagró una nueva capilla del templo en honor al profeta Elías.

Desde 1879 hasta 1882, el templo fue sometido a una importante reconstrucción: fue casi completamente renovado, ampliado y elevado. La capilla en el campanario fue suprimida, y la capilla del norte fue renombrada en honor a la Natividad de Juan el Precursor. La apariencia del templo cambió drásticamente después de la reconstrucción, y las capillas fueron nuevamente consagradas. La capilla principal fue consagrada en 1800. La altura del campanario con la aguja alcanzaba los 51 metros, y la campana principal, según los recuerdos de los ancianos, se escuchaba a 7 verstas en el pueblo de Malkovoy. Para este tiempo, el templo se construía no solo con donaciones de los feligreses, sino también con los ingresos de las tiendas y comercios, que se utilizaban para el embellecimiento del templo. Los sacerdotes recibían un salario del tesoro estatal.

Para 1917, en Baikalovo servían tres sacerdotes, asistidos por un diácono y tres salmistas. Se establecieron tradiciones de ferias: de tres días para la Fiesta de la Epifanía, semanales para la Protección y la Natividad de Juan el Precursor.

La cuestión sobre el destino de la iglesia se volvió relevante en mayo de 1925. El protocolo n.º 9 del 29 de diciembre de 1929 decidió cerrar la iglesia y transferirla a un club, con la anotación "No sujeto a la proclamación". En la década de 1930, la iglesia perdió las cruces, la cúpula y el campanario. En el edificio se alojó durante mucho tiempo un club, y luego la Casa de los Pioneros.

El 5 de noviembre de 1992, la parroquia fue registrada, y en 1993 el edificio de la iglesia fue devuelto a los creyentes. Actualmente, el templo se encuentra en proceso de restauración.