La paroisse de Baïkalovo a été fondée au début du XVIIe siècle. La première église du village portait le nom de la Nativité du Christ, bien que son histoire reste inconnue, les mentions à son sujet datant de 1710. Au début du XVIIIe siècle, une église en bois dédiée au prophète Élie a été construite, mais elle a brûlé lors d'un des incendies. À sa place, les habitants de Baïkalovo ont de nouveau érigé une église en bois dédiée à Élie. En 1779, un temple en pierre a été posé à proximité avec deux chapelles : la principale en l'honneur de la Protection de la Mère de Dieu, consacrée en 1800, et la chapelle nord en l'honneur de la Nativité du Christ, consacrée en 1797. En 1819, une autre chapelle a été consacrée dans le clocher en l'honneur de la Nativité de Jean-Baptiste. En 1860, l'église en bois du prophète Élie a été démolie, mais avant cela, en 1858, une nouvelle chapelle du temple a été consacrée en l'honneur du prophète Élie.

De 1879 à 1882, le temple a subi une importante reconstruction : il a été presque entièrement rénové, agrandi et surélevé. La chapelle du clocher a été supprimée, et la chapelle nord a été renommée en l'honneur de la Nativité de Jean le Précurseur. L'apparence du temple a beaucoup changé après la reconstruction, et les chapelles ont été à nouveau consacrées. La chapelle principale a été consacrée en 1800. La hauteur du clocher avec son flèche atteignait 51 mètres, et la cloche principale, selon les souvenirs des anciens, était audible jusqu'à 7 verstes dans le village de Malkova. À cette époque, le temple était construit non seulement grâce aux dons des paroissiens, mais aussi grâce aux revenus des magasins et des boutiques, qui étaient utilisés pour l'embellissement du temple. Les prêtres recevaient un salaire du trésor public.

En 1917, trois prêtres servaient à Baïkalovo, assistés d'un diacre et de trois psalmistes. Des traditions de foires se sont établies : une foire de trois jours pour la fête de l'Épiphanie, et des foires hebdomadaires pour la Protection et la Nativité de Jean le Précurseur.

La question du sort de l'église est devenue d'actualité en mai 1925. Le protocole n°9 du 29 décembre 1929 a décidé de fermer l'église et de la transférer en tant que club, avec la mention « Ne pas être annoncé ». Dans les années 1930, l'église a perdu ses croix, son dôme et son clocher. Le bâtiment a longtemps abrité un club, puis une Maison des Pionniers.

Le 5 novembre 1992, la paroisse a été enregistrée, et en 1993, le bâtiment de l'église a été restitué aux croyants. Actuellement, le temple est en cours de restauration.