Люди начали заселять эту местность еще в эпоху мезолита. В самом Кокшайске были найдены несколько поселений, относящихся к раннему периоду эпохи бронзы. Племена, пришедшие из современных Архангельской и Вологодской областей, принесли с собой названия рек, на берегах которых они жили, Малая и Большая Кокшеньга. Современный Кокшайск расположен между устьями рек, которые теперь называются Малая и Большая Кокшага. Город получил свое название по этим рекам и был основан 439 лет назад по указу Ивана Грозного. В «Разрядной книге 1475-1598 годов» есть запись: «Того же лета посылал государь-царь и великий князь воевод ставить нового Кокшажского города. И тое весну город Кокшагу поставили».

Город-крепость был основан во время присоединения Марийского края к России для контроля над местным населением. Он не имел посада, в нем находился военный гарнизон, состоящий в основном из стрельцов. В XVII веке кокшайские стрельцы участвовали в службе на Дону, в Царицыне, Астрахани, Черном Яру, защищая южные границы России. Кокшайск почти 190 лет был административным центром уезда, управляемым воеводами, а сейчас это село Кокшайск. 16 июля 1774 года здесь находился Емельян Пугачев с остатками своего войска после поражения под Казанью. Жители встретили его как «царя Петра III», под именем которого выступал Пугачев.

16 июля 1869 года в селе побывал будущий император Александр III во время путешествия по Волге. Цесаревич с семьей, после молитвы в церкви, пожертвовал храму 100 рублей и столько же крестьянам на уплату податей, посетил дом священника, отца И. Спасского. Александр оставил записку о своем пребывании в селе. Эти и другие события можно узнать в Музее истории Кокшайска, открытом в 1994 году, в год 425-летия города. Основателем музея стал энтузиаст Э. Патрушев, ветеран педагогического труда.

История Кокшайска тесно связана с историей Покровского храма XVIII века, центра духовной жизни многих поколений. Покровская церковь была построена в 1574 году, вскоре после основания города, и богослужения в ней начались в 1575 году. Изначально она была деревянной, но пожары неоднократно уничтожали деревянные постройки, включая церкви. В 1793 году на средства купца Ивана Ганешина был возведен новый каменный храм. Церковь двухпрестольная, с монументальной архитектурой; главный придел освящен в честь Покрова Пресвятой Богородицы, боковой, в честь Святителя Николая Чудотворца. В 1930-е годы храм был разрушен, и лампада, горевшая в честь пребывания будущего императора, погашена.

Однако позже церковь была восстановлена. Купола снова возвысились над храмом, кресты засияли, символизируя Божью благодать. 4 декабря 1992 года, в праздник Введения Пресвятой Богородицы, в храме впервые за 55 лет прошла служба. Церковь Покрова Божией Матери в Кокшайске является одной из казачьих церквей.