Les gens ont commencé à s'installer dans cette région dès l'époque mésolithique. Dans la ville de Kokshaïsk, plusieurs établissements datant du début de l'âge du bronze ont été trouvés. Les tribus venues des actuelles régions d'Arkhangelsk et de Vologda ont apporté avec elles les noms des rivières sur les rives desquelles elles vivaient, la Petite et la Grande Kokshenga. La Kokshaïsk moderne est située entre les estuaires des rivières qui s'appellent maintenant la Petite et la Grande Kokshaga. La ville a été nommée d'après ces rivières et a été fondée il y a 439 ans par décret d'Ivan le Terrible. Dans le « Livre des rangs de 1475-1598 », il y a une inscription : « La même année, le tsar et grand prince a envoyé des voïvodes pour établir la nouvelle ville de Kokshajsk. Et ce printemps, la ville de Kokshaga a été fondée ».

La ville-forteresse a été fondée lors de l'annexion de la région mari à la Russie pour contrôler la population locale. Elle n'avait pas de faubourg, elle abritait une garnison militaire composée principalement de tireurs. Au XVIIe siècle, les tireurs de Kokshaïsk ont participé à des campagnes sur le Don, à Tsaritsyne, à Astrakhan, à Tchernom Yar, protégeant les frontières sud de la Russie. Kokshaïsk a été le centre administratif du district pendant près de 190 ans, dirigé par des voïvodes, et c'est maintenant le village de Kokshaïsk. Le 16 juillet 1774, Emelian Pougatchev s'y trouvait avec les restes de son armée après sa défaite près de Kazan. Les habitants l'ont accueilli comme « le tsar Pierre III », sous le nom duquel Pougatchev se présentait.

Le 16 juillet 1869, le futur empereur Alexandre III a visité le village lors d'un voyage le long de la Volga. Le tsarévitch, avec sa famille, après une prière à l'église, a fait don de 100 roubles à l'église et autant aux paysans pour le paiement des impôts, et a visité la maison du prêtre, le père I. Spasski. Alexandre a laissé une note sur son séjour dans le village. Ces événements et d'autres peuvent être découverts au Musée d'histoire de Kokshaïsk, ouvert en 1994, l'année du 425e anniversaire de la ville. Le fondateur du musée était l'enthousiaste E. Patrushev, vétéran de l'enseignement.

L'histoire de Kokshaïsk est étroitement liée à l'histoire de l'église de la Protection du XVIIIe siècle, centre de la vie spirituelle de nombreuses générations. L'église de la Protection a été construite en 1574, peu après la fondation de la ville, et les services religieux y ont commencé en 1575. À l'origine, elle était en bois, mais des incendies ont à plusieurs reprises détruit les constructions en bois, y compris les églises. En 1793, grâce aux fonds du marchand Ivan Ganeshin, un nouveau temple en pierre a été érigé. L'église a deux autels, avec une architecture monumentale ; le principal est consacré à la Protection de la Sainte Vierge, le latéral, à Saint Nicolas le Thaumaturge. Dans les années 1930, le temple a été détruit, et la lampe qui brûlait en l'honneur de la présence du futur empereur a été éteinte.

Cependant, plus tard, l'église a été restaurée. Les dômes se sont à nouveau élevés au-dessus du temple, les croix ont brillé, symbolisant la grâce divine. Le 4 décembre 1992, lors de la fête de l'Entrée de la Sainte Vierge, un service a eu lieu dans le temple pour la première fois en 55 ans. L'église de la Protection de la Mère de Dieu à Kokshaïsk est l'une des églises cosaques.