Menschen begannen, dieses Gebiet bereits in der Epoche des Mesolithikums zu besiedeln. In Kokschaisk wurden mehrere Siedlungen gefunden, die aus der frühen Bronzezeit stammen. Die Stämme, die aus den heutigen Regionen Archangelsk und Wologda kamen, brachten die Namen der Flüsse mit, an deren Ufern sie lebten: Malaja und Bolschaja Kokschenka. Das moderne Kokschaisk liegt zwischen den Mündungen der Flüsse, die jetzt Malaja und Bolschaja Kokscha heißen. Die Stadt erhielt ihren Namen nach diesen Flüssen und wurde vor 439 Jahren auf Befehl von Iwan dem Schrecklichen gegründet. In dem „Registerbuch von 1475-1598“ gibt es einen Eintrag: „Im selben Jahr sandte der Herrscher und große Fürst den Wojewoden, um die neue Stadt Kokscha zu gründen. Und im Frühjahr wurde die Stadt Kokscha gegründet.

Die Festungsstadt wurde während der Eingliederung des Mari-Landes in Russland gegründet, um die Kontrolle über die lokale Bevölkerung zu behalten. Sie hatte keinen Stadtkern und beherbergte eine Militärgarnison, die hauptsächlich aus Schützen bestand. Im 17. Jahrhundert nahmen die Kokscha-Schützen an Einsätzen am Don, in Zarizyn, Astrachan und Tschernojar teil, um die südlichen Grenzen Russlands zu verteidigen. Kokschaisk war fast 190 Jahre lang das Verwaltungszentrum des Kreises, verwaltet von Wojewoden, und ist jetzt das Dorf Kokschaisk. Am 16. Juli 1774 war hier Emeljan Pugatschow mit den Überresten seiner Armee nach der Niederlage bei Kasan. Die Einwohner empfingen ihn als „Zar Peter III.“, unter dessen Namen Pugatschow auftrat.

Am 16. Juli 1869 besuchte der zukünftige Kaiser Alexander III. das Dorf während einer Reise an der Wolga. Der Thronfolger und seine Familie, nach dem Gebet in der Kirche, spendeten 100 Rubel für die Kirche und ebenso viel für die Bauern zur Begleichung von Steuern, und besuchten das Haus des Priesters, Vater I. Spasski. Alexander hinterließ eine Notiz über seinen Aufenthalt im Dorf. Diese und andere Ereignisse können im 1994 eröffneten Museum für Geschichte von Kokschaisk, im Jahr des 425-jährigen Bestehens der Stadt, erfahren werden. Der Gründer des Museums war der Enthusiast E. Patrushev, ein Veteran der pädagogischen Arbeit.

Die Geschichte von Kokschaisk ist eng mit der Geschichte der Schutzmantelkirche aus dem 18. Jahrhundert verbunden, dem Zentrum des geistlichen Lebens vieler Generationen. Die Schutzmantelkirche wurde 1574, kurz nach der Gründung der Stadt, erbaut, und die Gottesdienste begannen 1575. Ursprünglich war sie aus Holz, aber Brände zerstörten wiederholt die Holzbauten, einschließlich der Kirchen. 1793 wurde mit Mitteln des Kaufmanns Iwan Ganeshin ein neuer steinerner Tempel errichtet. Die Kirche ist zweischiffig, mit monumentaler Architektur; der Hauptaltar ist zu Ehren des Schutzmantels der Heiligen Gottesmutter geweiht, der Seitenaltar zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra. In den 1930er Jahren wurde der Tempel zerstört, und die Lampe, die zu Ehren des Aufenthalts des zukünftigen Kaisers brannte, wurde gelöscht.

Später wurde die Kirche jedoch wiederhergestellt. Die Kuppeln erhoben sich wieder über dem Tempel, die Kreuze leuchteten und symbolisierten die göttliche Gnade. Am 4. Dezember 1992, am Fest der Einführung der Heiligen Gottesmutter, fand in der Kirche zum ersten Mal seit 55 Jahren ein Gottesdienst statt. Die Kirche der Schutzmantel der Heiligen Gottesmutter in Kokschaisk ist eine der Kosakenkirchen.