Этот храм в Ярославле был первым, построенным не князем, не государем и не монастырём, а на средства Епифания Светешникова, одного из самых богатых купцов того времени. Это была первая каменная церковь на городском посаде, возведённая после Смутного времени. Храм получил имя не только святого, но и простого человека, и его белые стены стали символом Ярославля, отличаясь от московских церквей. Внутреннее убранство храма сохранилось с XVII века, когда его прихожанином был Фёдор Григорьевич Волков, основатель русского театра. Он создал эскиз иконостаса для храма, который до сих пор уникален для Ярославля.

Храм Николы Угодника, известный как Никола Надеин, был построен на месте сгоревшей в 1536 году деревянной церкви. В 1620 году Епифаний Светешников начал строительство каменного храма. Светешников был незаурядным человеком, богатевшим от торговли и помогавшим ополчению Минина и Пожарского. Его жизнь закончилась трагически: он был забит до смерти из-за долгов. Похоронен он в храме, который сам и построил.

Храм был освящён в честь Николы Угодника, и, по легенде, при его строительстве в Волге нашли икону Николая Чудотворца. Для строительства Светешников пригласил московских мастеров, и храм был возведён за два года. Он стал гордостью города, украшенный красной яшмой и расписанный мастерами под руководством Любима Агеева. В XIX веке фрески обновили палехские иконописцы.

Первоначально храм имел четверик с пятиглавием и галереей с ярославским крыльцом. В конце XVII века его перестроили, добавив ярус звона и придел Александра Свирского. В XVIII веке крышу заменили на железную, что изменило внешний вид храма. Внутреннее убранство обогатилось барочным иконостасом, предположительно созданным Волковым.

В 1823 году появилась деревянная часовня, позже заменённая на каменную. В 1836 году храм украсили немецкими часами. В 1918 году храм почти не пострадал во время мятежа и стал прибежищем для бездомных. В 1929 году он был взят под госохрану, избежав участи склада. В годы Великой Отечественной войны в нём хранили медикаменты и овощи. В 1959 году храм стал частью Ярославского музея-заповедника, а через 10 лет его открыли как храм-музей.

В советские годы храм пострадал от застройки, закрывшей его от глаз. Однако его ценность как христианского, исторического и архитектурного памятника остаётся неоспоримой.