Este templo en Yaroslavl fue el primero construido no por un príncipe, no por un soberano y no por un monasterio, sino con los fondos de Epifanio Sveteshnikov, uno de los comerciantes más ricos de la época. Fue la primera iglesia de piedra en el asentamiento urbano, erigida después del Tiempo de Troubles. El templo recibió el nombre no solo de un santo, sino también de un hombre común, y sus paredes blancas se convirtieron en un símbolo de Yaroslavl, diferenciándose de las iglesias de Moscú. El interior del templo se ha conservado desde el siglo XVII, cuando su feligrés fue Fyodor Grigoryevich Volkov, fundador del teatro ruso. Él creó el boceto del iconostasio para el templo, que sigue siendo único para Yaroslavl.

La iglesia de Nicolás el Taumaturgo, conocida como Nicolás Nadéin, fue construida en el lugar de una iglesia de madera que se quemó en 1536. En 1620, Epifanio Sveteshnikov comenzó la construcción del templo de piedra. Sveteshnikov fue un hombre extraordinario, que se enriqueció con el comercio y ayudó a la milicia de Minin y Pozharsky. Su vida terminó trágicamente: fue golpeado hasta la muerte por deudas. Está enterrado en el templo que él mismo construyó.

El templo fue consagrado en honor a Nicolás el Taumaturgo, y, según la leyenda, durante su construcción se encontró en el Volga un ícono de Nicolás el Milagroso. Para la construcción, Sveteshnikov invitó a maestros de Moscú, y el templo fue erigido en dos años. Se convirtió en el orgullo de la ciudad, adornado con jaspe rojo y pintado por maestros bajo la dirección de Lyubim Agueev. En el siglo XIX, los frescos fueron renovados por iconógrafos de Palekh.

Inicialmente, el templo tenía un cuadrado con cinco cúpulas y una galería con un pórtico yaroslavliano. A finales del siglo XVII, fue reconstruido, añadiendo un nivel de campanas y una capilla de Alejandro de Suvorov. En el siglo XVIII, el techo fue reemplazado por uno de hierro, lo que cambió la apariencia del templo. El interior se enriqueció con un iconostasio barroco, supuestamente creado por Volkov.

En 1823, apareció una capilla de madera, que luego fue reemplazada por una de piedra. En 1836, el templo fue adornado con relojes alemanes. En 1918, el templo casi no sufrió durante el motín y se convirtió en refugio para los sin hogar. En 1929, fue puesto bajo protección estatal, evitando la suerte de convertirse en un almacén. Durante la Gran Guerra Patria, se almacenaron medicamentos y verduras en él. En 1959, el templo se convirtió en parte del museo-reserva de Yaroslavl, y diez años después se abrió como templo-museo.

En los años soviéticos, el templo sufrió por la construcción que lo cerró a la vista. Sin embargo, su valor como monumento cristiano, histórico y arquitectónico sigue siendo indiscutible.