Ce temple à Iaroslavl a été le premier construit non par un prince, un souverain ou un monastère, mais grâce aux fonds d'Épiphane Sveteshnikov, l'un des marchands les plus riches de l'époque. C'était la première église en pierre sur le site urbain, érigée après le Temps des Troubles. Le temple a reçu le nom non seulement d'un saint, mais aussi d'un homme ordinaire, et ses murs blancs sont devenus le symbole d'Iaroslavl, se distinguant des églises moscovites. L'intérieur du temple a été conservé depuis le XVIIe siècle, lorsque son paroissien était Fiodor Grigorievitch Volkhov, le fondateur du théâtre russe. Il a créé le croquis de l'iconostase pour le temple, qui reste unique à Iaroslavl.

L'église de Nicolas le Thaumaturge, connue sous le nom de Nicolas de Nadeïna, a été construite à l'emplacement d'une église en bois brûlée en 1536. En 1620, Épiphane Sveteshnikov a commencé la construction de l'église en pierre. Sveteshnikov était un homme exceptionnel, s'enrichissant grâce au commerce et aidant l'armée de Minine et Pojarski. Sa vie s'est terminée tragiquement : il a été tué à coups de bâton à cause de dettes. Il est enterré dans le temple qu'il a lui-même construit.

Le temple a été consacré en l'honneur de Nicolas le Thaumaturge, et selon la légende, lors de sa construction, une icône de Nicolas le Miraculeux a été trouvée dans la Volga. Pour la construction, Sveteshnikov a invité des maîtres moscovites, et le temple a été érigé en deux ans. Il est devenu la fierté de la ville, orné de jaspe rouge et peint par des maîtres sous la direction de Lioubim Ageev. Au XIXe siècle, les fresques ont été rénovées par des iconographes de Palekh.

À l'origine, le temple avait un carré avec cinq dômes et une galerie avec un porche iaroslavlien. À la fin du XVIIe siècle, il a été reconstruit, ajoutant un étage de cloche et une chapelle dédiée à Alexandre de Souris. Au XVIIIe siècle, le toit a été remplacé par un toit en fer, ce qui a modifié l'apparence du temple. L'intérieur a été enrichi d'un iconostase baroque, supposément créé par Volkhov.

En 1823, une chapelle en bois a été construite, remplacée plus tard par une chapelle en pierre. En 1836, le temple a été décoré d'horloges allemandes. En 1918, le temple a été presque épargné lors de l'émeute et est devenu un refuge pour les sans-abri. En 1929, il a été placé sous protection d'État, évitant le sort d'un entrepôt. Pendant la Grande Guerre patriotique, il a servi de stockage pour des médicaments et des légumes. En 1959, le temple est devenu partie du musée-réserve d'Iaroslavl, et dix ans plus tard, il a été ouvert en tant que temple-musée.

Pendant les années soviétiques, le temple a souffert de la construction qui l'a caché aux yeux. Cependant, sa valeur en tant que monument chrétien, historique et architectural reste indiscutable.