Ансамбль церквей Николы Мокрого включает два каменных храма. Холодный пятиглавый храм с колокольней был возведен на месте старого деревянного в 1665-1672 годах. На правой стороне паперти, в пристройке с шатровым верхом, был устроен придел в честь Алексия, митрополита Московского, а на левой, в честь Великомученицы Варвары. Заказчиками строительства выступили купцы Афанасий Лузин и Андрей Лемин, а также ярославские посадские люди Федор Выморов и Степан Тарабаев. Теплая одноглавая церковь, посвященная Тихвинской иконе Богоматери, расположена к югу от Никольского храма. Она была построена в 1686 году, а придел Василия Великого освящен в 1694 году. Средства на строительство церкви предоставили купцы Клим и Семен Лузины. Архитектура церкви Николы Мокрого типична для ярославского посадского храма. Пятиглавая четырехстолпная холодная церковь без подклета окружена с трех сторон невысокой закрытой одноэтажной галереей. Северный фасад украшен шатровыми объемами Варваринского придела и колокольни. Первоначально храм имел позакомарное перекрытие. Архитекторы стремились ориентироваться на лучшие образцы ярославской церковной архитектуры того времени: общая композиция напоминает храм Иоанна Златоуста в Коровниках, формы колокольни повторяют формы колокольни церкви Илии Пророка, а рисунок слухов шатра заимствован у колокольни церкви Рождества Христова. В конце XVII века ансамбль был богато украшен полихромными изразцами, а алтарные окна Никольской церкви, нарядными изразцовыми наличниками. В 1690-х годах к западным фасадам обоих храмов были пристроены притворы с небольшими восьмигранными шатрами, богато декорированные цветной керамикой. До наших дней лучше сохранился южный притвор, расположенный у церкви Тихвинской Божией Матери. Храм освещался тремя большими медными паникадилами с орлами, выполненными голландскими мастерами. У столпов стояли роскошные резные моленные места середины XVII века, предназначенные для царя Алексея Михайловича и патриарха Никона, которые сейчас находятся в церкви Илии Пророка. Паперть церкви украшает красивая кованая решетка XVII века, состоящая из S-образных звеньев, заканчивающихся цветочными бутонами. Решетка выполнена с большим декоративным вкусом и является уникальным памятником прикладного искусства.

Стенопись церкви Николы Мокрого была выполнена в 1673-1674 годах на средства прихожан. Согласно челобитной Семена Лузина царю Алексею Михайловичу, в создании стенописи участвовали ярославские мастера Логин Сидоров, Ермолай Федоров, Тимофей Федотов, Иван Ануфриев, Федор Савин, Андриан Иванов, Семен Козлов, Карп Михайлов, Федор Карпов, Дмитрий Григорьев и Василий Ананьин. В XIX веке живопись дважды обновлялась в клеевой технике: в 1853 году и затем в 1895-1896 годах московскими художниками С. Чириковым и Епанешниковым под патронажем Московского Археологического Общества. В 1970-1980-х годах были проведены реставрационные работы по стенописи в Алексеевском и Варваринском приделах.

Николо-мокринская роспись стала важным произведением в истории ярославской школы стенной живописи. Ее тщательно разработанная символико-композиционная схема, новый для того времени метод рассказа посредством непрерывных горизонтальных фризов, богатая орнаментика и использование гравюр Библии Пискатора в качестве иконографического образца оказали значительное влияние на развитие ярославского монументального искусства второй половины XVII века. Ансамбль росписи храма Николы Мокрого, состоящий из 660 сюжетных клейм, дошел до нас не в полном объеме, утрачена живопись сводов западной паперти. В центральном куполе размещена фреска «Вседержитель», окруженная летописью с текстом тропаря «Нерукотворенному образу». В барабане изображены 16 праотцев в два ряда. На парусах написаны евангелисты, их символы вынесены на лобовые части паруса. На восточной подкупольной арке изображена Троица Ветхозаветная, на западной, «Спас на убрусе», поддерживаемый летящими ангелами. В куполах четырех боковых барабанов представлены: в юго-восточном, «Бог Саваоф», в северо-западном, «Христос Эммануил», в северо-восточном, «Иоанн Предтеча ангел пустыни» и в юго-западном, «Богоматерь Знамение». Между окнами боковых барабанов изображены ветхозаветные пророки. На подпружных арках северо-западного барабана, сюжеты «Исцеление слепого» и «Насаждение Честных древ», на арках юго-западного, «Неверие Фомы» и «Преполовение». На восточном своде над алтарем изображено «Отечество», на западном, «София созда себе дом», на северном, «Исцеление тещи апостола Петра» и «Притча о сеятеле», на южном, «Благословение детей» и «Изгнание торгующих из храма». На восточных подпружных арках за иконостасом написаны архангелы и ангелы с рипидами, на центральных и западных арках, 12 апостолов, на северо-западных и юго-западных арках, апостолы из числа семидесяти. Столпы храма разбиты на четыре широких яруса, нижний из которых орнаментальный. В верхнем ярусе западных столпов изображены благоверные князья и цари: Константин и Елена, Владимир и Ольга, Борис и Глеб, Всеволод Псковский и Ярослав Мудрый; в среднем, воины-мученики, в нижнем, русские святые, включая царевича Димитрия Угличского, Дмитрия Донского, Михаила Черниговского, ярославских князей Федора, Давида и Константина, Константина, Михаила и Федора Муромских, Довмонта Псковского, Михаила Тверского и ярославских чудотворцев Василия и Константина. На алтарных столпах представлены отцы церкви: Дионисий Ареопагит, Амвросий Медиоланский, Иоанн Милостивый, Кирилл Александрийский и другие. Роспись столпов отличается высоким уровнем исполнения. Северная и южная стены храма разбиты на семь ярусов. Четыре верхних, сюжетные, пятый, орнаментальный фриз, шестой, летопись о построении храма, седьмой, подзор из полотенец. Живопись сюжетных ярусов посвящена храмовой теме, житию и чудесам Николая Чудотворца, которые иллюстрированы здесь в 70 крупных клеймах. Четвертый ярус южной стены занят изображением семи вселенских соборов. Всю западную стену занимает грандиозная картина Страшного Суда. На восточной стене за иконостасом написаны Страсти Христовы, над центральным алтарем, «Распятие» и «Семь таинств». Верхние части оконных откосов дополняют погрудные изображения преподобных в овальных медальонах, увитых цветочными бутонами. На северной и южной стенах, подвижники вселенской и русской церкви, на западной стене, печерские чудотворцы. В арках окон, изображения Саваофа, Христа Благое Молчание, ангелов и херувимов. В арках входных порталов, Деисус из медальонов, «Недреманое око» и «Не рыдай мене, мати». В конхе центрального алтаря, литургическая композиция «Великий вход», в апсиде, святители вселенской и русской церкви в двух регистрах: в верхнем, в рост, а в нижнем, в круглых медальонах. На западной стене, композиции «Ветхозаветная Троица» и «Евхаристия». В конхе жертвенника написан сюжет «Се Агнец», в верхнем регистре апсиды, сцены из литургии, в нижнем, мученики, святители и преподобные в рост. На западной стене жертвенника, епископы и преподобные в медальонах. В конхе диаконника, сцена «Сошествие во ад», в своде, 7 картин воскрешения мертвых из Ветхого и Нового Завета. В апсиде и на западной стене, 28 печерских чудотворцев в медальонах, среди них, «Алипий Печерский иконописец». В арке центрального окна помещена фреска «Богоматерь Печерская», над порталом, «Избиение первомученика Стефана». В своде северного Варваринского придела, композиция «София Премудрость Божия». На стенах в четырех ярусах иллюстрировано житие святой Варвары. В конхе придельного алтаря, сюжет «О тебе радуется», в апсиде и на оконных откосах, изображения 26 мучениц. В своде южного Алексеевского придела, композиция «Царь Царем», на стенах в три яруса, сцены из жития митрополита Алексия. В конхе, «Похвала Богородице», над конхой, «Предста Царица», в апсиде, пророки в медальонах. Свод паперти заполнен сценами из Ветхого Завета. В ее северном колене иллюстрированы «Дни творения» в кругах и сцены жизни Адама и Евы, в южном, «История Иосифа и Моисея». Роспись западного крыла паперти утрачена в XIX веке в связи с перекладкой свода. В люнетах внутренних стен паперти размещены многофигурные символико-дидактические композиции: «Собор всех святых», «Апостольская проповедь», «Символ веры», «Отче наш», «О тебе радуется», «Богородица Честнейшая херувим». Над входом в северный придел на паперти написана «Богоматерь Знамение», над входом в южный, «Спас на убрусе», поддерживаемый летящими ангелами. На откосах окон паперти и между окнами, фигуры ветхозаветных персонажей: праотцы и пророки. В западном крыльце, сцены из «Апокалипсиса». Декоративно-образный строй николо-мокринской росписи проникнут духом особой торжественности. Чувство большого стиля царит здесь во всем: и в самой программе росписи, претендующей на соборную репрезентативность, и в замечательной тектонической связи живописи с архитектурой церкви. В XIX веке церковь Николы Мокрого была передана военному ведомству и с 1892 года являлась полковым храмом расквартированного в Ярославле Фанагорийского полка. В 1929 году церковь была закрыта. В 1992 году храм Николы Мокрого передан Русской Православной Церкви.