Первый храм, посвященный святителю Николаю Чудотворцу, был построен на месте будущей обители в 1675 году. Позже, в 1685 году, освятили новую Никольскую церковь, ставшую второй в обители. Согласно описанию 1732 года, церковь была низкой, с северной стороны имела переруб, трапезную и паперть. У нее была четырехгранная крыша без главы, а крест был покрыт белым железом. Царские двери в церкви были расписаны краской. В отличие от Троицкой церкви, Никольский храм отапливался зимой, но его разобрали в 1763 году из-за ветхости.

В 1797 году на месте Никольского храма построили новую деревянную церковь во имя апостолов Петра и Павла. В 1875 году крышу покрыли железом. По словам И. Токмакова, в конце XIX века в церкви сохранился пятиярусный иконостас XVII века с образами, привезенными при основании монастыря. В 1893 году завершили реставрацию: подвели каменный фундамент, заменили два нижних венца и перестроили паперть и галерею. Храм сделали отапливаемым, но 31 декабря 1897 года он сгорел.

В 1900-1904 годах на месте сгоревшей Петро-Павловской церкви возвели каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца, освященный в июне 1905 года. С алтарем длина храма составила 33 метра. Архитектура Никольской церкви сочетала элементы, характерные для времени строительства и более раннего периода. Храм был пятиглавым, с минимальными вертикальными и горизонтальными членениями на стенах. Фасады украшал криволинейный деревянный карниз, часто встречающийся в городских жилых зданиях. Важной частью архитектуры были монументальные обрамления дверных проемов на южном и северном фасадах.

К началу возрождения монастыря надстройки выше главного карниза были убраны, и здание имело обычную крышу. К 2012 году храм вновь обрёл луковичное пятиглавие.