Der erste Tempel, der dem heiligen Nikolaus geweiht war, wurde 1675 an dem Ort der zukünftigen Abtei erbaut. Später, im Jahr 1685, wurde eine neue Nikolai-Kirche geweiht, die zur zweiten in der Abtei wurde. Laut einer Beschreibung aus dem Jahr 1732 war die Kirche niedrig, hatte auf der Nordseite einen Querbau, eine Sakristei und eine Vorhalle. Sie hatte ein vierseitiges Dach ohne Hauptkuppel, und das Kreuz war mit weißem Eisen bedeckt. Die königlichen Türen in der Kirche waren bemalt. Im Gegensatz zur Dreifaltigkeitskirche wurde die Nikolai-Kirche im Winter beheizt, aber sie wurde 1763 wegen Baufälligkeit abgerissen.

Im Jahr 1797 wurde an der Stelle der Nikolai-Kirche eine neue Holzkirche im Namen der Apostel Petrus und Paulus erbaut. 1875 wurde das Dach mit Eisen gedeckt. Laut I. Tokmakov war Ende des 19. Jahrhunderts in der Kirche ein fünfstöckiger Ikonostas aus dem 17. Jahrhundert mit Bildern erhalten, die bei der Gründung des Klosters mitgebracht wurden. 1893 wurde die Restaurierung abgeschlossen: ein steinernes Fundament wurde gelegt, zwei untere Kränze wurden ersetzt und die Vorhalle sowie die Galerie wurden umgebaut. Die Kirche wurde beheizt, aber am 31. Dezember 1897 brannte sie nieder.

In den Jahren 1900-1904 wurde an der Stelle der abgebrannten Petrus-und-Paulus-Kirche ein steinerner Tempel im Namen des heiligen Nikolaus geweiht, der im Juni 1905 geweiht wurde. Mit dem Altar betrug die Länge der Kirche 33 Meter. Die Architektur der Nikolai-Kirche vereinte Elemente, die für die Bauzeit und eine frühere Periode charakteristisch waren. Die Kirche hatte fünf Kuppeln, mit minimalen vertikalen und horizontalen Gliederungen an den Wänden. Die Fassaden waren mit einer geschwungenen Holzdecke geschmückt, die häufig in städtischen Wohngebäuden vorkommt. Ein wichtiger Teil der Architektur waren monumentale Rahmen um die Türöffnungen an den südlichen und nördlichen Fassaden.

Zu Beginn der Wiederbelebung des Klosters wurden die Aufbauten über dem Hauptgesims entfernt, und das Gebäude hatte ein gewöhnliches Dach. Bis 2012 erhielt die Kirche erneut eine zwiebelförmige fünfkuppelige Form.