В начале XX века на месте современной Свято-Никольской церкви стояла небольшая часовня, возведенная еще до строительства известного Слюдянского вокзала. По традиции, при появлении значительного поселка или станции сначала строили часовню, а иногда и церковь.

Великий князь Николай Александрович, будущий император Николай II, возвращаясь из кругосветного путешествия из Японии, посетил Слюдянку по пути в Иркутск. Говорят, он предложил, чтобы от ворот вокзала к храму вела аллея, обсаженная деревьями, чтобы каждый мог войти в храм и поблагодарить Бога за благополучное завершение пути. Об этом рассказывал протоиерей Владимир Шарунов, бывший настоятель Слюдянской церкви, скончавшийся в мае 2004 года. Было решено перенести уже готовую церковь из пади «Половинка» Кругобайкальской железной дороги, где она была поставлена в 1903 году. Первоначально планировалось установить ее на станции Малый Баранчик, но в итоге выбрали быстро растущий поселок Слюдянка. Церковь была перенесена в начале 1906 года и освящена в том же году священником Иннокентием Чуриновым из соседней Култукской церкви, так как в Слюдянке еще не было назначено священника.

В Клировых ведомостях Култукской Николаевской церкви за 1907 год описывается, что здание церкви было деревянным, одноэтажным с колокольней. В церкви был один престол во имя святителя Николая, святителя Иннокентия и мученицы Татианы. Храм отапливался одной печью, утвари было недостаточно. Причт состоял из одного священника и псаломщика, которые жили в железнодорожном доме. До 1907 года они не получали жалование из казны, но с 1 января им было назначено жалование от Забайкальской железной дороги: священнику 1200 рублей в год, псаломщику 720 рублей. Священник Николай Мустафин, сын чиновника, был рукоположен в 1906 году, а псаломщиком был Владимир Маков. Старостой церкви был Василий Торопцев.

К 1914 году в приходе Свято-Никольской церкви насчитывалось более 500 дворов и около двух тысяч прихожан. Церковь посещали по мере необходимости, но на воскресные и праздничные службы старались приходить все. Поскольку старая церковь не могла вместить всех желающих, было решено разобрать ее и построить новую.

Новое здание было возведено служащими строительства второго пути Кругобайкальской железной дороги. На строительство было выделено 2000 рублей из государственной казны и 3250 рублей по смете Министерства путей сообщения. Также использовались остатки церковных доходов и пожертвования прихожан. В новой церкви, как и в первой, был один престол во имя святителей Николая Чудотворца и Иннокентия Иркутского и мученицы Татианы.

Церковь была построена в псевдорусских формах с элементами русского модерна, напоминая теремок с шатрами и кокошниками. Здание было деревянным, одноэтажным, с фундаментом и цоколем из байкальского мрамора. Стены сложены из бревен, а цокольная часть и фриз обшиты дощечками. Храм имел форму креста, с двумя дверями на мраморные крыльца. Алтарь имел два окна и две пристройки, вероятно, для пономарки и ризницы. Главный вход был с западного мраморного крыльца с шатровым навесом.

Притвор был разделен на три части: комната с лестницей на колокольню, помещение для сторожа и проход в храм. Отопление обеспечивалось пятью печами. Над притвором возвышалась колокольня с шатровым завершением и маковкой с крестом. Над крышей центральной части был устроен четверик с шатром и маковкой. На углах кровли возвышались четыре малых маковки, а также над двумя навершиями по обе стороны от колокольни и над шатровым навесом. Проект церкви разработал православный немец Гюнтер. Церковь была построена рядом с вокзалом и представляла собой лицо станции. От дверей храма к вокзалу вела аллея, обсаженная акациями, а вокруг оставались деревья старой тайги.

По воспоминаниям Владимира Быкова, дорогу около вокзала и проезды вокруг церкви замостили булыжником с берега Байкала. Улица, названная «Вторая вокзальная», была застроена магазинами и лавками. О каменной мостовой рассказывали и другие местные жители. Ограда церкви была чугунной, но ее судьба неизвестна. Новая церковь была освящена 29 декабря 1915 года.

Настоятелем новой церкви стал Михаил Болдовский, занимавший эту должность с 1911 года после окончания Иркутской Духовной Семинарии.

В 1922 году из Слюдянской церкви изъяли церковные ценности: два серебряных сосуда, напрестольный крест, кадило и три иконные ризы общим весом 10 фунтов 36 золотников серебра.

Свято-Никольская церковь была закрыта в 1929 году, но в 1947 году здание вернули верующим, и с 27 апреля того же года богослужения возобновились. Сейчас здание церкви восстановлено в первоначальном виде.