Au début du XXe siècle, à l'emplacement de l'actuelle église Saint-Nicolas, se tenait une petite chapelle, érigée avant la construction de la célèbre gare de Slyudyanka. Selon la tradition, lors de l'apparition d'un village ou d'une station importante, on construisait d'abord une chapelle, et parfois même une église.

Le grand-duc Nicolas Alexandrovitch, futur empereur Nicolas II, en revenant d'un voyage autour du monde au Japon, a visité Slyudyanka en route vers Irkoutsk. On dit qu'il a proposé qu'une allée bordée d'arbres mène des portes de la gare au temple, afin que chacun puisse entrer dans l'église et remercier Dieu pour l'achèvement heureux du voyage. Cela a été rapporté par le prêtre Vladimir Sharunov, ancien recteur de l'église de Slyudyanka, décédé en mai 2004. Il a été décidé de transférer l'église déjà construite de la vallée de « Polovinka » de la ligne de chemin de fer de Circum-Baïkal, où elle avait été érigée en 1903. Initialement, il était prévu de l'installer à la station de Malyy Baranchik, mais finalement, le village en pleine croissance de Slyudyanka a été choisi. L'église a été transférée au début de 1906 et consacrée la même année par le prêtre Innocent Churinoff de l'église voisine de Kouloutka, car aucun prêtre n'avait encore été nommé à Slyudyanka.

Dans les registres cléricaux de l'église Nikolaïevska de Kouloutka pour 1907, il est décrit que le bâtiment de l'église était en bois, de plain-pied avec un clocher. L'église avait un autel au nom de saint Nicolas, saint Innocent et la martyre Tatiana. Le temple était chauffé par un poêle, et il y avait un manque d'ustensiles. Le clergé se composait d'un prêtre et d'un psalmiste, qui vivaient dans une maison ferroviaire. Jusqu'en 1907, ils ne recevaient pas de salaire de l'État, mais à partir du 1er janvier, un salaire a été attribué par le chemin de fer de Transbaïkalie : 1200 roubles par an pour le prêtre, 720 roubles pour le psalmiste. Le prêtre Nicolas Mustafin, fils d'un fonctionnaire, a été ordonné en 1906, et le psalmiste était Vladimir Makov. Le chef de l'église était Vasily Toroptsov.

En 1914, la paroisse de l'église Saint-Nicolas comptait plus de 500 foyers et environ deux mille fidèles. L'église était visitée au besoin, mais pour les offices du dimanche et les fêtes, tout le monde s'efforçait d'y venir. Comme l'ancienne église ne pouvait pas accueillir tous ceux qui le souhaitaient, il a été décidé de la démolir et d'en construire une nouvelle.

Le nouveau bâtiment a été érigé par les ouvriers de la construction de la deuxième voie de la ligne de chemin de fer de Circum-Baïkal. Un budget de 2000 roubles a été alloué par le trésor public et 3250 roubles selon l'estimation du ministère des Chemins de fer. Des restes de revenus ecclésiastiques et des dons des paroissiens ont également été utilisés. Dans la nouvelle église, comme dans la première, il y avait un autel au nom des saints Nicolas le Thaumaturge et Innocent d'Irkoutsk et de la martyre Tatiana.

L'église a été construite dans des formes pseudo-russes avec des éléments de l'Art nouveau russe, ressemblant à un petit pavillon avec des tentes et des kokoshniks. Le bâtiment était en bois, de plain-pied, avec un fondement et un socle en marbre de Baïkal. Les murs étaient en rondins, et la partie socle et le frise étaient recouverts de planches. Le temple avait la forme d'une croix, avec deux portes menant à des perrons en marbre. L'autel avait deux fenêtres et deux annexes, probablement pour le sacristain et la sacristie. L'entrée principale était du côté du perron en marbre à auvent en tente.

Le vestibule était divisé en trois parties : une pièce avec un escalier menant au clocher, un local pour le gardien et un passage vers le temple. Le chauffage était assuré par cinq poêles. Au-dessus du vestibule se dressait un clocher avec un sommet en tente et un bulbe avec une croix. Au-dessus du toit de la partie centrale, un tambour avec un auvent et un bulbe était aménagé. Aux coins du toit, quatre petits bulbes s'élevaient, ainsi que deux au-dessus des sommets de chaque côté du clocher et au-dessus de l'auvent en tente. Le projet de l'église a été élaboré par un Allemand orthodoxe, Günther. L'église a été construite près de la gare et représentait le visage de la station. Une allée bordée d'acacias menait des portes du temple à la gare, et des arbres de la vieille taïga restaient autour.

Selon les souvenirs de Vladimir Bykov, la route près de la gare et les passages autour de l'église étaient pavés de pavés provenant de la rive du Baïkal. La rue, nommée « Deuxième gare », était construite de magasins et de boutiques. D'autres habitants locaux parlaient également d'un pavage en pierre. La clôture de l'église était en fer forgé, mais son sort est inconnu. La nouvelle église a été consacrée le 29 décembre 1915.

Le recteur de la nouvelle église était Mikhaïl Boldovski, occupant ce poste depuis 1911 après avoir terminé le séminaire théologique d'Irkoutsk.

En 1922, des objets de valeur de l'église de Slyudyanka ont été confisqués : deux vases en argent, une croix d'autel, un encensoir et trois chasubles d'icônes d'un poids total de 10 livres et 36 zolotniks d'argent.

L'église Saint-Nicolas a été fermée en 1929, mais en 1947, le bâtiment a été restitué aux croyants, et les services religieux ont repris le 27 avril de la même année. Aujourd'hui, le bâtiment de l'église a été restauré dans son état d'origine.