Zu Beginn des 20. Jahrhunderts stand an der Stelle der heutigen Heiligen-Nikolaus-Kirche eine kleine Kapelle, die noch vor dem Bau des bekannten Sljudjanka-Bahnhofs errichtet wurde. Nach Tradition wurde bei der Entstehung eines bedeutenden Dorfes oder Bahnhofs zunächst eine Kapelle und manchmal auch eine Kirche gebaut.

Der Großfürst Nikolai Alexandrowitsch, der zukünftige Kaiser Nikolai II., besuchte Sljudjanka auf dem Weg nach Irkutsk, nachdem er von einer Weltreise aus Japan zurückgekehrt war. Man sagt, er schlug vor, dass eine von Bäumen gesäumte Allee vom Bahnhofsportal zur Kirche führen sollte, damit jeder in die Kirche eintreten und Gott für die sichere Beendigung seiner Reise danken konnte. Dies erzählte der Protopriester Wladimir Scharunow, der frühere Pfarrer der Sljudjanka-Kirche, der im Mai 2004 verstarb. Es wurde beschlossen, die bereits fertiggestellte Kirche aus der Senke „Polowinka“ der Baikal-Kreuzbahn zu verlegen, wo sie 1903 errichtet worden war. Ursprünglich war geplant, sie an der Station Malyy Baranchik aufzustellen, aber letztendlich wurde das schnell wachsende Dorf Sljudjanka gewählt. Die Kirche wurde Anfang 1906 verlegt und im selben Jahr von dem Priester Innokentij Churinov aus der benachbarten Kul'tukski-Kirche geweiht, da in Sljudjanka noch kein Priester ernannt worden war.

In den Klerikalen Berichten der Kul'tukski-Nikolaj-Kirche aus dem Jahr 1907 wird beschrieben, dass das Kirchengebäude aus Holz, einstöckig und mit einem Glockenturm war. In der Kirche gab es einen Altar zu Ehren des Heiligen Nikolaus, des Heiligen Innokentij und der Märtyrerin Tatiana. Der Tempel wurde mit einem Ofen beheizt, und es gab nicht genügend Utensilien. Die Gemeinde bestand aus einem Priester und einem Psalmodisten, die im Bahnhofsgebäude lebten. Bis 1907 erhielten sie kein Gehalt aus der Staatskasse, aber ab dem 1. Januar wurde ihnen ein Gehalt von der Transbaikalischen Eisenbahn zugewiesen: dem Priester 1200 Rubel pro Jahr, dem Psalmodisten 720 Rubel. Der Priester Nikolai Mustafin, der Sohn eines Beamten, wurde 1906 ordiniert, und der Psalmodist war Wladimir Makov. Der Vorsteher der Kirche war Wassili Toropzew.

Bis 1914 zählte die Gemeinde der Heiligen-Nikolaus-Kirche mehr als 500 Höhlen und etwa zweitausend Gläubige. Die Kirche wurde nach Bedarf besucht, aber zu den Sonntags- und Feiertagsgottesdiensten bemühten sich alle zu kommen. Da die alte Kirche nicht alle Wünsche erfüllen konnte, wurde beschlossen, sie abzureißen und eine neue zu bauen.

Das neue Gebäude wurde von den Arbeitern des Baus des zweiten Gleises der Baikal-Kreuzbahn errichtet. Für den Bau wurden 2000 Rubel aus der Staatskasse und 3250 Rubel nach dem Kostenvoranschlag des Ministeriums für Verkehrswesen bereitgestellt. Auch die Reste der Kirchenmittel und Spenden der Gläubigen wurden verwendet. In der neuen Kirche, wie in der ersten, gab es einen Altar zu Ehren der Heiligen Nikolaus von Myra und Innokentij von Irkutsk sowie der Märtyrerin Tatiana.

Die Kirche wurde in pseudorussischen Formen mit Elementen des russischen Jugendstils erbaut und erinnerte an einen kleinen Turm mit Zeltdächern und Kokoschniks. Das Gebäude war aus Holz, einstöckig, mit einem Fundament und Sockel aus Baikal-Marmor. Die Wände bestanden aus Baumstämmen, und der Sockel und das Fries waren mit Brettern verkleidet. Der Tempel hatte die Form eines Kreuzes, mit zwei Türen zu den Marmorstufen. Der Altar hatte zwei Fenster und zwei Anbauten, wahrscheinlich für den Sakristan und die Sakristei. Der Haupteingang war von der westlichen Marmorstufe mit einem Zeltdach.

Der Vorraum war in drei Teile unterteilt: ein Raum mit einer Treppe zum Glockenturm, ein Raum für den Wächter und der Zugang zur Kirche. Die Heizung wurde durch fünf Öfen gewährleistet. Über dem Vorraum erhob sich der Glockenturm mit einem Zeltdach und einer Zwiebelkuppel mit einem Kreuz. Über dem Dach des zentralen Teils wurde ein viereckiger Raum mit einem Zeltdach und einer Zwiebelkuppel eingerichtet. An den Ecken des Daches erhoben sich vier kleine Zwiebelkuppeln sowie über zwei Spitzen auf beiden Seiten des Glockenturms und über dem Zeltdach. Das Projekt der Kirche wurde vom orthodoxen Deutschen Günther entworfen. Die Kirche wurde neben dem Bahnhof erbaut und stellte das Gesicht der Station dar. Von den Türen des Tempels führte eine von Akazien gesäumte Allee zum Bahnhof, und rundherum blieben die Bäume der alten Taiga.

Laut den Erinnerungen von Wladimir Bykow wurde der Weg um den Bahnhof und die Zufahrten zur Kirche mit Pflastersteinen vom Ufer des Baikalsees gepflastert. Die Straße, die „Zweite Bahnhofstraße“ genannt wurde, war mit Geschäften und Läden bebaut. Auch andere Einheimische berichteten von dem steinernen Pflaster. Der Zaun der Kirche war aus Gusseisen, aber sein Schicksal ist unbekannt. Die neue Kirche wurde am 29. Dezember 1915 geweiht.

Der Pfarrer der neuen Kirche wurde Michail Boldowski, der diese Position seit 1911 nach dem Abschluss des Irkutsker Geistlichen Seminars innehatte.

Im Jahr 1922 wurden aus der Sljudjanka-Kirche kirchliche Werte entnommen: zwei silberne Gefäße, ein Altarkreuz, ein Weihrauchgefäß und drei Ikonenröcke mit einem Gesamtgewicht von 10 Pfund 36 Lot Silber.

Die Heilige-Nikolaus-Kirche wurde 1929 geschlossen, aber 1947 wurde das Gebäude den Gläubigen zurückgegeben, und ab dem 27. April desselben Jahres wurden die Gottesdienste wieder aufgenommen. Heute ist das Gebäude der Kirche in seinem ursprünglichen Zustand wiederhergestellt.