A principios del siglo XX, en el lugar de la actual iglesia de San Nicolás, había una pequeña capilla, construida antes de la edificación de la famosa estación de Slyudyanka. Por tradición, al aparecer un asentamiento o estación significativa, primero se construía una capilla, y a veces una iglesia.

El gran duque Nicolás Alexandrovich, futuro emperador Nicolás II, visitó Slyudyanka de camino a Irkutsk tras regresar de un viaje alrededor del mundo desde Japón. Se dice que propuso que desde las puertas de la estación hasta el templo hubiera una avenida arbolada, para que todos pudieran entrar en la iglesia y agradecer a Dios por el exitoso final del viaje. Esto lo relató el protoiereo Vladimir Sharunov, ex párroco de la iglesia de Slyudyanka, quien falleció en mayo de 2004. Se decidió trasladar la iglesia ya construida desde la caída 'Polovinka' del ferrocarril de Circum-Baikal, donde fue erigida en 1903. Inicialmente se planeó instalarla en la estación de Malyy Baranchik, pero finalmente se eligió el rápidamente creciente asentamiento de Slyudyanka. La iglesia fue trasladada a principios de 1906 y consagrada ese mismo año por el sacerdote Inocente Churinov de la vecina iglesia de Kultuk, ya que en Slyudyanka aún no se había designado un sacerdote.

En los registros clericales de la iglesia de Kultuk de 1907 se describe que el edificio de la iglesia era de madera, de un solo piso y con campanario. En la iglesia había un altar en nombre del santo Nicolás, el santo Inocente y la mártir Tatiana. El templo se calentaba con una estufa, y había escasez de utensilios. El clero estaba compuesto por un sacerdote y un salmista, que vivían en la casa de la estación. Hasta 1907 no recibieron salario del tesoro, pero desde el 1 de enero se les asignó un salario de los Ferrocarriles de Transbaikal: 1200 rublos al año para el sacerdote y 720 rublos para el salmista. El sacerdote Nicolás Mustafin, hijo de un funcionario, fue ordenado en 1906, y el salmista fue Vladimir Makov. El anciano de la iglesia era Vasily Toropcev.

Para 1914, la parroquia de la iglesia de San Nicolás contaba con más de 500 hogares y alrededor de dos mil feligreses. La iglesia era visitada según la necesidad, pero en los servicios dominicales y festivos todos trataban de asistir. Dado que la antigua iglesia no podía albergar a todos los que deseaban asistir, se decidió desmantelarla y construir una nueva.

El nuevo edificio fue erigido por los empleados de la construcción de la segunda vía del ferrocarril de Circum-Baikal. Se asignaron 2000 rublos del tesoro estatal y 3250 rublos según el presupuesto del Ministerio de Transporte. También se utilizaron los restos de los ingresos de la iglesia y donaciones de los feligreses. En la nueva iglesia, al igual que en la primera, había un altar en nombre de los santos Nicolás el Milagroso e Inocente de Irkutsk y la mártir Tatiana.

La iglesia fue construida en formas pseudo-rusas con elementos del modernismo ruso, recordando un pequeño torreón con cúpulas y kokoshniks. El edificio era de madera, de un solo piso, con cimientos y zócalo de mármol de Baikal. Las paredes estaban hechas de troncos, y la parte del zócalo y el friso estaban revestidos con tablones. El templo tenía forma de cruz, con dos puertas que daban a los escalones de mármol. El altar tenía dos ventanas y dos anexos, probablemente para el sacristán y la sacristía. La entrada principal estaba en el zócalo de mármol occidental con un dosel a dos aguas.

El vestíbulo estaba dividido en tres partes: una habitación con escalera al campanario, un espacio para el portero y un pasaje a la iglesia. La calefacción era proporcionada por cinco estufas. Sobre el vestíbulo se elevaba el campanario con un remate a dos aguas y una cúpula con cruz. Sobre el techo de la parte central se construyó un cuadrado con un dosel y una cúpula. En las esquinas del tejado se alzaban cuatro pequeñas cúpulas, así como sobre dos remates a cada lado del campanario y sobre el dosel. El proyecto de la iglesia fue desarrollado por el ortodoxo alemán Günther. La iglesia fue construida cerca de la estación y representaba la cara de la misma. Desde las puertas del templo hasta la estación había una avenida arbolada de acacias, y alrededor quedaban árboles de la antigua taiga.

Según los recuerdos de Vladimir Bykov, el camino cerca de la estación y los accesos alrededor de la iglesia estaban pavimentados con adoquines de la orilla del Baikal. La calle, llamada 'Segunda de la estación', estaba construida con tiendas y comercios. Sobre el pavimento de piedra se hablaba también entre otros lugareños. La cerca de la iglesia era de hierro fundido, pero su destino es desconocido. La nueva iglesia fue consagrada el 29 de diciembre de 1915.

El párroco de la nueva iglesia fue Mikhail Boldovsky, quien ocupó este cargo desde 1911 tras graduarse del Seminario Teológico de Irkutsk.

En 1922, se confiscaron los valores eclesiásticos de la iglesia de Slyudyanka: dos recipientes de plata, una cruz de altar, un incensario y tres vestiduras de íconos con un peso total de 10 libras y 36 zolotniks de plata.

La iglesia de San Nicolás fue cerrada en 1929, pero en 1947 el edificio fue devuelto a los creyentes, y desde el 27 de abril de ese mismo año se reanudaron los servicios religiosos. Actualmente, el edificio de la iglesia ha sido restaurado a su forma original.