В 1568 году территория, ныне известная как Чуркинский остров, была передана Астраханскому Троицкому монастырю. По преданию, первую церковь здесь построил в середине XVI века основатель монастыря, преподобный игумен Кирилл, и освятили её в честь святителя Николая Чудотворца.

В XVII веке Чуркинский учуг перешёл к Астраханскому Спасо-Преображенскому монастырю. В 1670-х годах здесь появился необычный насельник. Согласно преданию, палач Ларька, участвовавший в казни священномученика Иосифа, митрополита Астраханского, получил вразумление через болезнь. Осознав свои грехи, он удалился в низовья Волги, выкопав себе пещеру на бугре рядом с учугом. За мучения, причинённые святителю, привязанному к чурке, он получил прозвище Чурка. Проводя годы в посте и молитве, он скончался и был похоронен монахами. После этого и другие подвижники стали рыть пещеры в этом месте. В начале XVIII века Никольскую церковь перенесли на «Высокую гору», как называли Чуркинский бугор, из-за его высоты. Так монастырь стал известен как Чуркинский.

В 1919 году монастырь был закрыт. В 1930 году снесли колокольню и собор, кирпичи от которых использовали для строительства рыбокомбината в посёлке имени Володарского. Были разрушены и все здания скита, а также большая часть монастырских построек. В бывшем монастыре размещались интернат, санаторий и туберкулёзная больница. Последним учреждением в этих стенах была психиатрическая больница, закрытая в начале 1990-х годов.

Весной 2004 года началось возрождение монастыря. В 2014 году произошло чудо: 22 июня замироточила икона Святых Царственных Мучеников. «Слёзы» появились на образах царя Николая и царицы Александры. В день убиения святых ипатьевских мучеников замироточили и другие образы этой иконы, написанной астраханским художником Владимиром Воронковым. Затем начали мироточить и другие иконы. В ноябре 2015 года капли появились на образах Василия Великого, Иоанна Златоуста и Григория Богослова. В настоящее время в обители мироточат 65 икон.