Im Jahr 1568 wurde das Gebiet, das heute als Churkinskiy Ostrov bekannt ist, dem Astrakhaner Dreifaltigkeitskloster übergeben. Der Legende nach wurde die erste Kirche hier in der Mitte des 16. Jahrhunderts vom Gründer des Klosters, dem heiligen Abt Kyrill, erbaut und zu Ehren des Heiligen Nikolaus des Wundertäters geweiht.

Im 17. Jahrhundert ging der Churkinskiy Uchug an das Astrakhaner Spaso-Preobrazhenskiy Kloster über. In den 1670er Jahren tauchte hier ein ungewöhnlicher Bewohner auf. Laut der Legende erhielt der Henker Laryk, der an der Hinrichtung des heiligen Märtyrers Joseph, des Metropoliten von Astrakhan, beteiligt war, durch eine Krankheit eine Einsicht. Er erkannte seine Sünden und zog sich in die Niederungen der Wolga zurück, wo er sich eine Höhle auf einem Hügel neben dem Uchug grub. Für die Qualen, die er dem Heiligen, der an einem Holzstück gefesselt war, zugefügt hatte, erhielt er den Spitznamen Churka. Nachdem er Jahre in Fasten und Gebet verbracht hatte, starb er und wurde von den Mönchen beerdigt. Danach begannen auch andere Asketen, an diesem Ort Höhlen zu graben. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde die Nikolauskirche auf den „Hohen Hügel“ verlegt, wie der Churkinskiy Hügel wegen seiner Höhe genannt wurde. So wurde das Kloster als Churkinskiy bekannt.

Im Jahr 1919 wurde das Kloster geschlossen. 1930 wurde der Glockenturm und die Kathedrale abgerissen, deren Ziegel für den Bau einer Fischfabrik im Dorf Wolodarskogo verwendet wurden. Auch alle Gebäude des Klosters wurden zerstört, ebenso wie der größte Teil der Klosteranlagen. Im ehemaligen Kloster wurden ein Internat, ein Sanatorium und ein Tuberkulosekrankenhaus untergebracht. Die letzte Einrichtung in diesen Mauern war eine psychiatrische Klinik, die Anfang der 1990er Jahre geschlossen wurde.

Im Frühjahr 2004 begann die Wiederbelebung des Klosters. Im Jahr 2014 geschah ein Wunder: Am 22. Juni begann das Ikone der Heiligen Königlichen Märtyrer zu tränen. „Tränen“ erschienen auf den Bildern von Zar Nikolaus und Zarin Alexandra. Am Tag der Ermordung der heiligen Ipatiev-Märtyrer begannen auch andere Bilder dieser Ikone, die vom astrakhanischen Künstler Wladimir Woronkow gemalt wurde, zu tränen. Danach begannen auch andere Ikonen zu tränen. Im November 2015 erschienen Tropfen auf den Bildern von Basilius dem Großen, Johannes Chrysostomus und Gregor dem Theologen. Derzeit tränen in der Abtei 65 Ikonen.