En 1568, le territoire, désormais connu sous le nom d'île de Chourkine, a été transféré au monastère de la Sainte-Trinité d'Astrakhan. Selon la légende, la première église y a été construite au milieu du XVIe siècle par le fondateur du monastère, le révérend higoumène Kirill, et consacrée en l'honneur de saint Nicolas le Miracle-Faire.

Au XVIIe siècle, le chourg de Chourkine est passé au monastère de la Transfiguration de Spass d'Astrakhan. Dans les années 1670, un habitant inhabituel est apparu ici. Selon la légende, le bourreau Laryka, ayant participé à l'exécution du saint martyr Joseph, métropolite d'Astrakhan, a reçu une réprimande à travers la maladie. Réalisant ses péchés, il s'est retiré dans les bas-fonds de la Volga, creusant une grotte sur une colline près du chourg. Pour les souffrances infligées au saint, attaché à une bûche, il a reçu le surnom de Chourka. Passant des années en jeûne et en prière, il est décédé et a été enterré par des moines. Après cela, d'autres ascètes ont commencé à creuser des grottes à cet endroit. Au début du XVIIIe siècle, l'église Saint-Nicolas a été déplacée sur la « Haute Colline », comme on appelait la colline de Chourkine, en raison de sa hauteur. Ainsi, le monastère est devenu connu sous le nom de Chourkine.

En 1919, le monastère a été fermé. En 1930, le clocher et la cathédrale ont été démolis, les briques ayant été utilisées pour construire une usine de poisson dans le village nommé d'après Volodarsky. Tous les bâtiments du skit ont été détruits, ainsi qu'une grande partie des constructions monastiques. Dans l'ancien monastère, il y avait un internat, un sanatorium et un hôpital pour tuberculeux. La dernière institution dans ces murs était un hôpital psychiatrique, fermé au début des années 1990.

Au printemps 2004, la renaissance du monastère a commencé. En 2014, un miracle s'est produit : le 22 juin, l'icône des Saints Martyrs Royaux a commencé à suinter. Des « larmes » sont apparues sur les images du roi Nicolas et de la reine Alexandra. Le jour de l'exécution des saints martyrs ipatievsky, d'autres images de cette icône, peinte par l'artiste astrakhanais Vladimir Voronkov, ont également commencé à suinter. Ensuite, d'autres icônes ont commencé à suinter. En novembre 2015, des gouttes sont apparues sur les images de Basile le Grand, Jean Chrysostome et Grégoire le Théologien. Actuellement, 65 icônes suintent dans le monastère.