En 1568, el territorio, hoy conocido como la isla de Churkin, fue entregado al monasterio de la Trinidad de Astracán. Según la tradición, la primera iglesia aquí fue construida a mediados del siglo XVI por el fundador del monasterio, el venerable igumen Cirilo, y fue consagrada en honor del santo Nicolás el Taumaturgo.

En el siglo XVII, el choza de Churkin pasó al monasterio de la Transfiguración de Astracán. En la década de 1670, apareció un inusual residente. Según la tradición, el verdugo Larka, que participó en la ejecución del santo mártir José, metropolitano de Astracán, recibió una admonición a través de la enfermedad. Al darse cuenta de sus pecados, se retiró a las orillas del Volga, excavando una cueva en un montículo cerca de la choza. Por los tormentos infligidos al santo, atado a un tronco, recibió el apodo de Churka. Pasando años en ayuno y oración, falleció y fue enterrado por los monjes. Después de esto, otros ascetas comenzaron a excavar cuevas en este lugar. A principios del siglo XVIII, la iglesia de San Nicolás fue trasladada a la 'Colina Alta', como se llamaba el montículo de Churkin, debido a su altura. Así, el monasterio se hizo conocido como el monasterio de Churkin.

En 1919, el monasterio fue cerrado. En 1930, se demolió el campanario y la catedral, cuyos ladrillos se utilizaron para construir una planta de pescado en el asentamiento de nombre Volodarsky. También se destruyeron todos los edificios del eremitorio, así como gran parte de las construcciones del monasterio. En el antiguo monasterio se alojaron un internado, un sanatorio y un hospital de tuberculosis. La última institución en estos muros fue un hospital psiquiátrico, cerrado a principios de la década de 1990.

En la primavera de 2004, comenzó la resurrección del monasterio. En 2014 ocurrió un milagro: el 22 de junio, la imagen de los Santos Mártires Reales comenzó a exudar mirra. Las 'lágrimas' aparecieron en las imágenes del rey Nicolás y la reina Alexandra. En el día de la muerte de los santos mártires ipatievianos, otras imágenes de esta icono, pintada por el artista de Astracán Vladimir Voronkov, también comenzaron a exudar mirra. Luego, otras imágenes comenzaron a exudar mirra. En noviembre de 2015, aparecieron gotas en las imágenes de San Basilio el Grande, San Juan Crisóstomo y San Gregorio el Teólogo. Actualmente, en el monasterio, 65 íconos exudan mirra.