В селе Алексино до строительства каменной церкви находилась деревянная церковь Святителя Николая с приделами трех Святителей и мученика Савина. Верхний придел был посвящен святителю Василию Кесарийскому, а в трапезной была мученица Параскева. Эта деревянная церковь существовала до 1827 года.

В 1790 году помещик Закревский продал часть села и земли графу Александру Романовичу Воронцову, сыну графа Романа Илларионовича Воронцова, первого Владимирского губернатора. Воронцов владел усадьбой Андреевское, которая сыграла значительную роль в истории России. Он был выдающимся государственным деятелем, особенно проявившим себя в дипломатии. Александр Романович поддерживал дружеские отношения с архитектором Николаем Александровичем Львовым, по проекту которого строилась каменная церковь в селе Матренино, Рощино. Переписка Воронцова с управляющим свидетельствует о его активном участии в строительстве церкви в Матренино. Он распорядился начать с колокольни, определил место строительства и обещал обеспечить кирпичом для колокольни. Колокольня в Матренино была завершена в 1798 году.

После этого события жители Алексино решили собрать средства для строительства в своем селе каменной колокольни и затем храма. Граф Воронцов пожертвовал на это 500 рублей. В 1832 году в Алексино был освящен каменный трехпрестольный храм Святителя Николая Чудотворца с приделами Архистратига Божия Михаила и Казанской иконы Божией Матери в трапезной. Средств на строительство было достаточно, поэтому в «Историко-статистическом описании» указано, что храм пятиглавый, а колокольня построена одновременно с церковью. Архитектура колокольни в Алексино повторяет колокольню храма Воскресения в Матренино, но она на один ярус ниже.

В 1930-х годах, в советское время, Никольская церковь в Алексино была закрыта и разорена, затем использовалась для хозяйственных нужд. Восстановление началось в начале 2010-х годов. На сегодняшний день храм активно восстанавливается: завершены штукатурные работы, установлены окна, крыша обновлена, сложены обогревательные печи. Архитектурный облик изменился, и теперь храм имеет одну главку вместо пяти. Летом в храме проводятся молебны и панихиды.