En el pueblo de Aleksino, antes de la construcción de la iglesia de piedra, había una iglesia de madera dedicada al Santo Nicolás con capillas de tres Santos y el mártir Savin. La capilla superior estaba dedicada al santo Basilio de Cesarea, y en el comedor estaba la mártir Paraskeva. Esta iglesia de madera existió hasta 1827.

En 1790, el terrateniente Zakrevsky vendió parte del pueblo y tierras al conde Alexander Romanovich Vorontsov, hijo del conde Roman Illarionovich Vorontsov, el primer gobernador de Vladimir. Vorontsov poseía la mansión Andreyevskoye, que desempeñó un papel significativo en la historia de Rusia. Era un destacado estadista, especialmente en el ámbito de la diplomacia. Alexander Romanovich mantenía relaciones amistosas con el arquitecto Nikolai Alexandrovich Lvov, según el proyecto del cual se construyó la iglesia de piedra en el pueblo de Matrinino, Roshchino. La correspondencia de Vorontsov con el administrador atestigua su participación activa en la construcción de la iglesia en Matrinino. Ordenó comenzar con el campanario, determinó el lugar de construcción y prometió proporcionar ladrillos para el campanario. El campanario en Matrinino se completó en 1798.

Después de este evento, los habitantes de Aleksino decidieron recaudar fondos para construir un campanario de piedra en su pueblo y luego una iglesia. El conde Vorontsov donó 500 rublos para esto. En 1832, se consagró en Aleksino la iglesia de piedra de tres altares dedicada a San Nicolás el Milagroso, con capillas del Arcángel San Miguel y de la icono de Nuestra Señora de Kazán en el comedor. Había suficientes fondos para la construcción, por lo que en la 'Descripción histórico-estadística' se indica que la iglesia tiene cinco cúpulas, y el campanario fue construido al mismo tiempo que la iglesia. La arquitectura del campanario en Aleksino replica el campanario de la iglesia de la Resurrección en Matrinino, pero es un nivel más bajo.

En la década de 1930, durante la época soviética, la iglesia de San Nicolás en Aleksino fue cerrada y desmantelada, luego se utilizó para fines económicos. La restauración comenzó a principios de la década de 2010. Hoy en día, la iglesia se está restaurando activamente: se han completado los trabajos de yeso, se han instalado ventanas, se ha renovado el techo y se han construido estufas de calefacción. La apariencia arquitectónica ha cambiado, y ahora la iglesia tiene una cúpula en lugar de cinco. En verano, se celebran moliebnos y panijidas en la iglesia.