В отличие от большинства старинных новгородских церквей, эта была возведена уже в эпоху Московской Руси, в 1557 году. Эта дата упоминается во всех изданиях как год первоначального строительства. В то время район имел менее упорядоченную планировку, чем сейчас, Большой Московской улицы еще не существовало, и храм выходил на ныне исчезнувшую Никитину улицу.

Однако, стоит отметить, что еще в период Новгородской независимости в летописях дважды упоминается одноименный храм в этом районе. Во время пожара 1368 года правобережный Плотницкий конец города пострадал от огня, и среди сгоревших зданий, вероятно, была и эта церковь.

Позже митрополит Макарий Миролюбов, специалист по новгородским церковным древностям, утверждал, что церковь Никиты была отстроена в камне в 1375 году. Однако уже в 1406 году она снова обветшала, и согласно Новгородской I летописи, были построены три новые церкви, включая церковь святого Никиты в Плотницком конце.

Эта церковь была уличанским храмом, так как других церквей на Никитиной улице не было. Перед ней собиралось уличанское вече. Новгородские уличане имели право строить на своей улице церкви, распоряжаться землей и жаловаться на произвол представителей других районов.

Например, в ганзейском донесении описывается, как уличане Михайловой улицы с участием властей заставляли жителей немецкого купеческого подворья не расширять свои ворота. Жители Никитиной улицы также боролись за свои права. В 1475 году они пожаловались великому князю Ивану III на произвол посадника из Неревского конца.

Иван III, находившийся тогда на Городище под Новгородом, использовал это как повод для судебного разбирательства, известного как суд на Городище. Это событие стало предлогом для окончательного присоединения Новгорода к Московскому государству.

В 1558 году церковь была перестроена в уникальном для Новгорода стиле. Зодчие не придерживались симметрии: колокольня была расположена у апсид, а по диагонали пристроен придел святого Николая Чудотворца. В 1570-е годы Никитина улица, вероятно, вместе с церковью оказалась на территории Государева двора Ивана Грозного.

В 1571 году, после разорения Новгорода, царь с сыновьями прибыл на Государев двор на Никитину улицу. Даже после Ивана Грозного храм оставался одним из самых значимых в городе. В XVII веке здесь проводились службы новгородскими архиереями. В 1722 году к храму пристроили притвор.

В 1730-е и 1780-е годы район был перепланирован, и храм оказался на задворках, так как Никитина улица исчезла. Он стал обычным приходским храмом на северной окраине исторической части города.

В 1813 году обветшавшие своды храма заменили, и он получил низкий купол на широком барабане. Тогда же был создан шпиль на колокольне, а западный притвор облицован в стиле классицизма.

В советское время храм закрыли, и в нем располагался шахматный клуб. В постперестроечное время здание запустело и стало приютом для бездомных. В 2000-е годы его серьезно отреставрировали, но цоколь с лестницей и внутренний интерьер все еще нуждаются в ремонте.