В монастыре располагались деревянная Иоанно-Предтеченская церковь, жилые здания, миссионерская школа с домовой церковью и хозяйственные постройки. На выделенном участке попечитель начинающегося монастыря Палладий основал деревянную церковь в честь Рождества святого пророка Иоанна Предтечи.

Все постройки монастыря были уничтожены в первые годы советской власти. Власти объясняли снос Богодуховского монастыря необходимостью строительства теплоэлектростанции на месте, где было много свободного пространства на горе Маяк. Были разрушены Иоанно-Предтеченская церковь, пять жилых домов для насельников, амбар, ледник, кухня, каретник и сарай, а также два флигеля, построенные в 1911 году, кухня с сараем и погребом. К двухэтажному зданию миссионерского стана сделали пристройку, где разместили контору треста.

Сейчас на территории Оренбургского Богодуховского монастыря находится ОАО «Оренбургская теплогенерирующая компания». Сохранились здание бывшего миссионерского стана и часть монастырской ограды. Все строения, относящиеся к Архиерейскому дому, также были снесены. Никольская церковь, ранее Митрофаньевская, разрушена. В основном здании, Архиерейском доме, сейчас располагается горбольница №2. Внешний вид здания, некогда отличавшегося великолепной архитектурой, до сих пор изменён.