Au monastère se trouvaient l'église en bois de Jean-Baptiste, des bâtiments résidentiels, une école missionnaire avec une église domestique et des constructions économiques. Sur un terrain attribué, le bienfaiteur du monastère naissant, Palladij, a fondé une église en bois en l'honneur de la naissance du saint prophète Jean-Baptiste.

Tous les bâtiments du monastère ont été détruits dans les premières années du pouvoir soviétique. Les autorités ont justifié la démolition du monastère de Bogodoukhovo par la nécessité de construire une centrale thermique à l'endroit où il y avait beaucoup d'espace libre sur la colline Maïak. L'église de Jean-Baptiste, cinq maisons pour les moines, un grenier, un frigo, une cuisine, un garage et une étable, ainsi que deux pavillons construits en 1911, une cuisine avec une étable et une cave, ont été détruits. Un ajout a été fait à l'immeuble à deux étages du camp missionnaire, où a été installée le bureau de la société.

Aujourd'hui, sur le territoire de l'ancien monastère de Bogodoukhovo à Orenbourg se trouve la société par actions « Compagnie de production de chaleur d'Orenbourg ». Le bâtiment de l'ancien camp missionnaire et une partie de la clôture du monastère ont été préservés. Tous les bâtiments liés à la Maison archiépiscopale ont également été démolis. L'église Nicolas, anciennement Mitrofanievskaïa, a été détruite. Dans le bâtiment principal, la Maison archiépiscopale, se trouve maintenant l'hôpital municipal n°2. L'apparence du bâtiment, qui se distinguait autrefois par sa magnifique architecture, a été modifiée jusqu'à présent.