Im Kloster befanden sich die hölzerne Johannes-der-Täufer-Kirche, Wohngebäude, eine Missionsschule mit einer Hauskirche und Wirtschaftsgebäude. Auf dem ausgewiesenen Grundstück gründete der Stifter des beginnenden Klosters Palladij eine hölzerne Kirche zu Ehren der Geburt des heiligen Propheten Johannes des Täufers.

Alle Gebäude des Klosters wurden in den ersten Jahren der sowjetischen Herrschaft zerstört. Die Behörden erklärten den Abriss des Bogoduchowskij-Klosters mit der Notwendigkeit, an einem Ort mit viel freiem Raum auf dem Berg Majak ein Wärmekraftwerk zu bauen. Zerstört wurden die Johannes-der-Täufer-Kirche, fünf Wohnhäuser für die Bewohner, eine Scheune, ein Eiskeller, eine Küche, ein Wagenhaus und ein Schuppen sowie zwei Flügel, die 1911 erbaut wurden, eine Küche mit Schuppen und Keller. An das zweigeschossige Gebäude des Missionsstandorts wurde ein Anbau gemacht, in dem das Büro des Trusts untergebracht wurde.

Heute befindet sich auf dem Gelände des Orenburger Bogoduchowskij-Klosters die OAO „Orenburger Wärmeversorgungsunternehmen“. Das Gebäude des ehemaligen Missionsstandorts und ein Teil der Klostermauer sind erhalten geblieben. Alle Gebäude, die zum Bischöflichen Haus gehörten, wurden ebenfalls abgerissen. Die Nikolauskirche, früher Mitrofaniewskaja, wurde zerstört. Im Hauptgebäude, dem Bischöflichen Haus, befindet sich jetzt das Stadtkrankenhaus Nr. 2. Das äußere Erscheinungsbild des Gebäudes, das einst durch seine prächtige Architektur auffiel, hat sich bis heute verändert.