En el monasterio se encontraban la iglesia de madera de San Juan Bautista, edificios residenciales, una escuela misionera con una iglesia doméstica y construcciones auxiliares. En un terreno designado, el benefactor del incipiente monasterio, Palladio, fundó una iglesia de madera en honor al nacimiento del profeta San Juan Bautista.

Todas las construcciones del monasterio fueron destruidas en los primeros años del poder soviético. Las autoridades justificaron la demolición del monasterio de Bogodukhovo con la necesidad de construir una central térmica en un lugar donde había mucho espacio libre en la colina de Mayak. Fueron destruidas la iglesia de San Juan Bautista, cinco casas residenciales para los monjes, un granero, un glaciar, una cocina, un carruaje y un cobertizo, así como dos alas construidas en 1911, una cocina con un cobertizo y una bodega. Se hizo una ampliación al edificio de dos pisos del asentamiento misionero, donde se instaló la oficina de la empresa.

Actualmente, en el territorio del monasterio de Bogodukhovo en Orenburgo se encuentra la OAO "Compañía Generadora de Calor de Orenburgo". Se han conservado el edificio del antiguo asentamiento misionero y parte de la cerca del monasterio. Todos los edificios relacionados con la Casa Arzobispal también fueron demolidos. La iglesia de Nicolás, anteriormente Mitrofánievskaya, fue destruida. En el edificio principal, la Casa Arzobispal, ahora se encuentra el hospital municipal n.º 2. La apariencia del edificio, que alguna vez se destacó por su magnífica arquitectura, ha cambiado hasta el día de hoy.